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	<title>生信菜鸟团 &#187; bioconda</title>
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	<description>欢迎去论坛biotrainee.com留言参与讨论，或者关注同名微信公众号biotrainee</description>
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		<title>用Miniconda，Bioconda来安装常见的生物信息学软件</title>
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		<comments>http://www.bio-info-trainee.com/1906.html#comments</comments>
		<pubDate>Wed, 05 Oct 2016 11:37:21 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[基础软件]]></category>
		<category><![CDATA[bioconda]]></category>
		<category><![CDATA[conda]]></category>
		<category><![CDATA[miniconda]]></category>

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		<description><![CDATA[这是生信技能树论坛的朋友推荐的，我试用了一下，的确非常方便~ 原文见：http: &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/1906.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<div>这是生信技能树论坛的朋友推荐的，我试用了一下，的确非常方便~</div>
<div>原文见：<a href="http://www.biotrainee.com/thread-282-1-1.html">http://www.biotrainee.com/thread-282-1-1.html</a></div>
<div>生信最基础的基本功便是常用软件的安装和配置，但是不是所有软件都可以直接使用的[比如 annovar 等]。除了安装编译，有些软件所需环境的配置同样令人头疼。会不断报错提醒你那些东西没有安装。</div>
<div>    bioconda里面几乎涵盖了引用率较高的，好用的工具的打包资源，一键式安装，并且各自依赖的环境相互分隔，每次使用source activate env_name 来激活。使用source deactivate 来退出。具体软件列表见：<a href="https://anaconda.org/bioconda/repo">https://anaconda.org/bioconda/repo</a> 但是列表不支持搜索，可以去它的github里面去搜索  <img src="file:///C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Tencent\QQ\Temp\%W@GJ$ACOF(TYDYECOKVDYB.png" alt="" /><a href="https://bioconda.github.io/">https://bioconda.github.io/</a></div>
<div>    而且不需要root权限也可以安装软件。</div>
<p><span id="more-1906"></span></p>
<div>安装bioconda非常简单，只需要在你的服务器容易目录运行：</div>
<div>wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh</div>
<div>bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh</div>
<div>即可，这样会默认在你的home目录下新建一个miniconda2的文件夹，然后一切默认即可~</div>
<div>而且默认修改了你的环境变量文件， 即bashrc文件：</div>
<div># added by Miniconda2 4.1.11 installer</div>
<div>export PATH="/home/jmzeng/miniconda2/bin:$PATH"</div>
<div>需要source一下</div>
<div><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/10/1.png"><img class="alignnone size-full wp-image-1907" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/10/1.png" alt="1" width="493" height="492" /></a></div>
<div>
<div>然后你就可以使用/home/jmzeng/miniconda2/bin 下面的 conda命令啦~</div>
<div>如果你想安装列表中的软件，进入 该软件的conda主页：<a href="https://anaconda.org/bioconda/cutadapt">https://anaconda.org/bioconda/cutadapt</a></div>
<div>里面会告诉你应该输入什么命令~</div>
<div><img class="alignnone size-full wp-image-1908" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/10/2.png" alt="2" width="627" height="385" /></div>
<div>
<div>然后进入miniconda2文件夹里面的pkgs文件夹下面找到安装好的cutadapt软件，直接使用即可：</div>
<div>python /home/jmzeng/miniconda2/pkgs/cutadapt-1.10-py27_0/bin/cutadapt --help</div>
<div>大功告成！！！</div>
<div></div>
</div>
</div>
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