搜索学习其他学者的RNA数据处理流程（包括原始数据、脚本、中间文件）

ulwvfje — Sat, 07 Mar 2015 11:52:20 +0000

搜索其他学者的RNA数据处理流程（包括原始数据、脚本、中间文件）

一：原始数据

是谷歌里面无意中搜索到的，是某个物种的RNA数据，不是很大，但是里面有所有的分析流程，非常方便，对原始reads进行了组装，和注释。

打开网址可以看到raw data的下载链接

二：中间文件

可以清楚的看到所有的流程操作手册

要是有空，可以对它们做一次检验，需要的空间不大40多个G的空间即可。

它是通过solexaQA套件中的两个perl程序来过滤reads的

它过滤之前和过滤之后都用来fastqc来进行质控画图

过滤之后的数据量如图所示

对这些reads进行trinity组装好得到转录本信息，是312M的数据量

转录本的统计信息如下

三：处理流程

四：所有的脚本，有兴趣的同学可以自行下载慢慢解读

生信菜鸟团 » 谷歌