生信菜鸟团 » 环境变量

java环境变量的问题

ulwvfje — Wed, 23 Nov 2016 11:34:30 +0000

有篇文章提到了cytoscape，想着一直没用过这个神器对不起我生信大神的称号呀，就下载了准备安装，居然报错了，简直不可思议，因为一直以为它是java软件，一般不需要安装，结果是exe的，只是依赖于java，报错是EXE4J_JAVA_HOME, No JVM could be found on your system，这是个很常见的错误，我简单搜索了解决方案https://wincrunch.com/exe4j-java-home-no-jvm-could-be-found-on-your-system/ 居然无效，但是里面有句话引起了我的注意，通常64位的window电脑的java是安装在Program Files 而不是Program Files (x86)，这才是问题所在，我当初图简单，直接用了JDK来安装JRE，所以导致软件安装目录错误。有非常多的生物信息学软件都依赖与java，比如IGV,GSEA,cytoscape，一般来说window电脑安装好了java之后这些软件都挺好用的。那么关于java问题，我整理了3个：

首先是下载JDK还是JRE的问题：

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html

都可以的，推荐安装JDK！

然后是安装到 “Program Files”还是 “Program Files (x86)”的问题？

现在的电脑都是64位的了，应该安装到Program Files 而不是Program Files (x86)

最后是可以安装多个版本吗？很明显，是可以的

一旦安装了 JDK，您即可设置 JAVA_HOME。需要修改环境变量，大家自行搜索吧，

CLASSPATH设置为.;%JAVA_HOME%\lib\dt.jar;%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;

EXE4J_JAVA_HOME设置为C:\Program Files\Java\jre1.8.0_112\bin ## 我这里安装了两个jre

JAVA_HOME设置为C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_111\bin

perl程序技巧-检验系统环境或模块安装

ulwvfje — Tue, 15 Mar 2016 12:12:34 +0000

这个程序是我在VirusFinder里面发现的，大家可以自行搜索它！

非常好用，建议大家写程序都可以加上这个！

print "\nChecking Java version...\n\n";

my $ret = `java -version 2>&1`;

print "$ret\n";

if (index($ret, '1.6') == -1) {

printf "Warning: The tool Trinity of the Broad Institute may require Java 1.6.\n\n";

}

print "\nChecking SAMtools...\n\n";

$ret = `which samtools 2>&1`;

if (index($ret, 'no samtools') == -1) {

printf "%-30s\tOK\n\n", 'SAMtools';

}else{

printf "%-30s\tnot found\n\n", 'SAMtools';

}

my @required_modules = ("Bio::DB::Sam",

"Bio::DB::Sam::Constants",

"Bio::SeqIO",

"Bio::SearchIO",

"Carp",

"Config::General",

"Cwd",

"Data::Dumper",

"English",

"File::Basename",

"File::Copy",

"File::Path",

"File::Spec",

"File::Temp",

"FindBin",

"Getopt::Std",

"Getopt::Long",

"IO::Handle",

"List::MoreUtils",

"Pod::Usage",

"threads");

print "\nChecking CPAN modules required by VirusFinder...\n\n";

my $count = 0;

for my $module (@required_modules){

eval("use $module");

if ($@) {

printf "%-30s\tFailed\n", $module;

$count++;

}

else {

printf "%-30s\tOK\n", $module;

}

}

if ($count==1){

print "\n\nOne module may not be installed properly.\n\n";

}elsif ($count > 1){

print "\n\n$count modules may not be installed properly.\n\n";

}else{

print "\n\nAll CPAN modules checked!\n\n";

}

ubuntu服务器解决方案第六讲-添加环境变量

ulwvfje — Wed, 01 Apr 2015 02:32:15 +0000

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。

在我的第一讲里面，对JAVA的安装，其实就需要添加环境变量，大家可以回头看看！

添加PATH环境变量，第1种方法：

[root@lx_web_s1 ~]# export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH

再次查看：

[root@lx_web_s1 ~]# echo $PATH

/usr/local/webserver/mysql/bin:/usr/local/webserver/mysql/bin/:/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

说明添加PATH成功。

上述方法的PATH 在终端关闭后就会消失。所以还是建议通过编辑/etc/profile来改PATH，也可以修改家目录下的.bashrc(即：~/.bashrc)。

第2种方法：需要管理员权限。

# vim /etc/profile

在最后，添加:

export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"

保存，退出，然后运行：

#source /etc/profile，不报错则成功。