读书笔记-核酸&蛋白序列分析

ulwvfje — Fri, 17 Jul 2015 03:32:28 +0000

核酸序列分析：
一．DNA基本序列分析：bioedit、DNAman、DNAstar
a)   组成成分分析
b)   序列转换分析
c)   酶切位点分析（REBSASE，NEBCutter2）
二．DNA序列特征分析
a)   开放阅读框分析
b)   启动子和转录因子结合位点（数据库EPD,TRANSFAC,DBTSS,TRRD）（软件Promoter Scan，TfBlast，TESS）
c)   CpG岛识别（在线工具：EMBOSS,CpG Island searcher，CpG cluster）
三．重复序列分析
a)   常用数据库（RepBase，RepeatMasker，LINE-1，STR）
四．基因识别，
a)   同源序列比对
b)   组成统计学特征预测（UTR,EXON,INTRON,）
c)   GENESCAN，GRAIL，geneMarkS，Glimmer
五．mRNA可变剪切分析
a)   常用数据库（ASTD,ASD,ASAP）
b)   在线工具（ASPicDB,ESEfinder,RESCUE-ESE）
六．miRNA与靶基因预测
a)   预测方法（同源片段搜索，比较基因组学预测，序列结构特征打分，靶标预测，机器学习）
b)   数据库资源（miRNA，miRBase，TarBase，miRGen，MIRSCAN，MiPred，miRFinder，miRanda，Targetscan，PicTar）

蛋白序列分析
一．蛋白基本序列分析
a)   氨基酸组成（ExPASy）
b)   电荷性质，疏水性（ProtScale）
c)   理化性质（ProtParam）
二．序列特征信息
a)   跨膜区预测（TMpred）
b)   信号肽分析（signalP）
c)   卷曲螺旋分析（COILS）
三．功能信息分析
a)   PROSITE蛋白质功能数据库
b)   结构域和功能位点分析InterProScan
c)   基于蛋白同源性的功能分析（blastp等）
四．蛋白质结构分析
a)   二级结构预测-（Chou-Fasman，GOR，PHD，NNSSP以及多元预测方法）
b)   三级结构预测-（同源建模。重头预测）

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