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	<title>生信菜鸟团 &#187; 捕获测序</title>
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		<title>阅读捕获测序文章并下载数据</title>
		<link>http://www.bio-info-trainee.com/496.html</link>
		<comments>http://www.bio-info-trainee.com/496.html#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 26 Mar 2015 03:10:04 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[基础数据库]]></category>
		<category><![CDATA[SRA]]></category>
		<category><![CDATA[捕获测序]]></category>

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		<description><![CDATA[一．阅读文献找到SRP 该文献讲了单分子测序在医疗领域的一个应用，我感觉挺重要的 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/496.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p>一．阅读文献找到SRP</p>
<p>该文献讲了单分子测序在医疗领域的一个应用，我感觉挺重要的，就分析了一下，然后下载了数据，准备处理一下。</p>
<p>Single-step capture and sequencing of natural DNA for detection of BRCA1 mutations</p>
<p>&nbsp;</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/捕获测序文章解析并下载数据162.png"><img class="alignnone size-full wp-image-499" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/捕获测序文章解析并下载数据162.png" alt="捕获测序文章解析并下载数据162" width="554" height="200" /></a></p>
<p>&nbsp;</p>
<p>在NCBI查到该数据地址，并且用脚本下载即可</p>
<p><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRP007097">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRP007097</a></p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/捕获测序文章解析并下载数据348.png"><img class="alignnone size-full wp-image-501" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/捕获测序文章解析并下载数据348.png" alt="捕获测序文章解析并下载数据348" width="554" height="614" /></a></p>
<p>下载之后的数据如下，共19个测序文件，都是200K左右大小，那两个一百多M的可能是下载错了</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>for i in {32..52}</p>
<p>do</p>
<p>wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR258/SRR2588$i/SRR2588$i.sra</p>
<p>Done</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>下载的19个数据，都是只有1万多条序列。</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/捕获测序文章解析并下载数据346.png"><img class="alignnone size-full wp-image-500" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/捕获测序文章解析并下载数据346.png" alt="捕获测序文章解析并下载数据346" width="367" height="444" /></a></p>
<p>因为这些判断都是对BRCA1这个基因进行目标性测序，所以接下来需要对它们进行特殊的处理。</p>
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