华大soap系列的比对软件

ulwvfje — Thu, 05 May 2016 12:18:15 +0000

也不知道是什么原因，对国产软件总是提不起兴趣，所以尽管SOAP系列都已经发展到了十几个软件了，我依然没有去试用一下。

软件下载：

官网直接找到：http://soap.genomics.org.cn/

SOAPaligner/soap2 is a member of the SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package).

很久以前，大家说soap其实指的是类似于bwa这样的比对工具，但是后来这个工具箱丰富了，所以我们现在如果只看比对工具，要看的是SOAPaligner

我是linux系统，用wget下载：wget http://soap.genomics.org.cn/down/soap2.21release.tar.gz

解压，由于下载是可执行程序，就不需要安装啦！

安装之后把该软件添加到环境变量！

输入数据：

这里选择两个网络上的测试数据:

如果是真想用这个软件的话，需要参考基因组和测序数据，这个链接貌似已经年久失修啦~！

wget http://biocluster.ucr.edu/~tbackman/genome.fasta

# download a test reference genome (TAIR9 Chromosome 1) wget http://biocluster.ucr.edu/~tbackman/query.fastq

# download some test Illumina reads from Arabidopsis

运行命令：

2bwt-builder genome.fasta
# create binary of reference genome
soap -a query.fastq -D genome.fasta.index -o output.soap
# align query to genome and store output

结果解读：

由于测试数据没有下载下来，我安装了软件就懒得玩了，其实正经的来讲，应该写一个详细的测评，包括软件运行速度，比对准确率，等等，不过那样做就是发paper的节奏了，我随便玩玩，就算啦。

不过soap是一直在更新的，所以我相信他比对的结果，肯定是sam格式的。

所以结果就不用解读啦！

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