Lecture3_One-hundred-software-in-bioinformatics096_GISTIC

Jimmy（jmzeng1314@outlook.com）

GISTIC2.0识别拷贝数变异区域

安装指南：ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/INSTALL.txt

软件官网：http://www.broadinstitute.org/cgi-bin/cancer/publications/pub_paper.cgi?mode=view&paper_id=216&p=t

paper ：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3218867/

下载：wget ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/GISTIC_2_0_22.tar.gz

（affymetrix snp6.0 芯片数据 cel files）

PICNIC

简单解释下输出的目录下的文件

all_data_by_genes.txt 代表了基因（包括非编码RNA如miRNA，lncRNA）在样本中具体的拷贝数值。

all_lesions.conf_90.txt 代表识别的拷贝数扩增和缺失Peak区域。

all_thresholded.by_genes.txt 代表离散化之后的数值，如-2代表丢失两个拷贝，-1代表丢失一个拷贝,0代表拷贝数正常,1代表增加一个拷贝，2代表扩增两个拷贝。

broad_significance_results.txt代表显著发生拷贝数变异的broad区域。

broad_values_by_arm.txt 代表染色体臂在样本中的拷贝数数值。

scores.gistic代表通过该方法打分之后的结果。