生信菜鸟团 » sna http://www.bio-info-trainee.com 欢迎去论坛biotrainee.com留言参与讨论，或者关注同名微信公众号biotrainee Sat, 28 Jun 2025 14:30:13 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=4.1.33 R语言画网络图三部曲之sna http://www.bio-info-trainee.com/1355.html http://www.bio-info-trainee.com/1355.html#comments Thu, 14 Jan 2016 12:59:07 +0000 http://www.bio-info-trainee.com/?p=1355 Continue reading →]]> 如果只是画网络图，那么只需要把所有的点，按照算好的坐标画出来，然后把所有的连线也画出即可！

其中算法就是，点的坐标该如何确定？Two of the most prominente algorithms (Fruchterman & Reingold’s force-directed placement algorithm and Kamada-Kawai’s)
有一个networkD3的包可以直接画图，但是跳过了确定点的坐标这个步骤，我重新找了一包，可以做到！
作者只是用sna包来得到数据，其实用的是ggplot来画网络图！
需要熟悉network包里面的network对象的具体东西，如何自己构造一个，然后数学sna包如何计算layout即可
解读这个包，也可以自己画网络图，代码如下：
plot(plotcord)
text(x=plotcord$X1+0.2,y=plotcord$X2,labels = LETTERS[1:10])
for (i in 1:10){
  for (j in 1:10){
    if(tmp[i,j]) lines(plotcord[c language="(i,j),1"][/c],plotcord[c language="(i,j),2"][/c])
  }
}
当然，我们还没有涉及到算法，就是如何生成plotcord这个坐标矩阵的！
大家看下面这个示意图就知道网络图是怎么样画出来的了，首先我们有一些点，它们之间有联系，都存储在networData这个数据里面，是10个点，共9个连接，然后我用reshape包把它转换成连接矩阵，理论上10个点的两两相互作用应该有100条线，但是我们的数据清楚的说明只有9条，所以只有9个1，其余的0代表点之间没有关系。接下来我们用sna这个包对这个连接矩阵生成了这10个点的坐标（这个是重点），最后很简单了，把点和线画出来即可！

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另外一个例子：
net=network(150, directed=FALSE, density=0.03)
m <- as.matrix.network.adjacency(net) # get sociomatrix  
# get coordinates from Fruchterman and Reingold's force-directed placement algorithm.
plotcord <- data.frame(gplot.layout.fruchtermanreingold(m, NULL)) 
# or get it them from Kamada-Kawai's algorithm: 
# plotcord <- data.frame(gplot.layout.kamadakawai(m, NULL)) 
colnames(plotcord) = c("X1","X2")  ###所有点的坐标，共150个点
edglist <- as.matrix.network.edgelist(net) ##所有点之间的关系-edge ##共335条线
edges <- data.frame(plotcord[edglist[,1],], plotcord[edglist[,2],]) ##两点之间的连线的具体坐标，335条线的起始终止点点坐标
原始代码如下：
library(network)
library(ggplot2)
library(sna)
library(ergm)
clipboard
大家可以试用这个代码，因为它用的ggplot，肯定比我那个简单R作图要好看多了
参考算法文献：
 

 

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