用phyML对多重比对phy文件来构建进化树

ulwvfje — Mon, 13 Apr 2015 14:02:44 +0000

本来还没这么快写进化专题的，但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件，看看能否生成树，我就试用了一下phyml这个软件，挺简单的。

一、下载并安装该软件

这是一个很简单的软件，我们直接下载它的二进制程序就可以直接使用啦，官网里面的压缩包里面有各种平台的二进制程序，我这里用linux64的。

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip

unzip PhyML-3.1.zip

二．准备文件

它需要的phy格式的多重比对结果文件，一般是clustalW或者muscle比对的结果

可以看到是53个蛋白，多重比对后的公共序列长度是325个氨基酸。

三．命令

./PhyML-3.1_linux64 -i test.phy -d aa -b 1000 -m LG -f m -v e -a e -o tlr

这些参数在运行的时候都会显示出来

具体解释见博客 http://www.chenlianfu.com/?p=2221

四，输出文件

这个时间会很久，大家有心里准备！！！总共会输出四个文件，

test.phy_phyml_tree.txt : 最大似然法构建的进化树

test.phy_phyml_boot_stats.txt : bootstrap 的统计信息

test.phy_phyml_boot_trees.txt : bootstrap 树

test.phy_phyml_stats.txt : 程序运行的中的参数和结果统计

然后我们的那个test.phy_phyml_tree.txt 就可以用figtree等软件画图啦！！！

一步一步运行软件系列合集

ulwvfje — Fri, 10 Apr 2015 14:30:49 +0000

这些是很久以前写的一些教程，是关于进化树构建和全基因组关联分析的！

gwas-plink分析教程.pdf
plink的统计基础.ppt
一步一步构建系统进化树.pdf
一步一步运行blast.pdf
一步一步运行inparanoid蛋白聚类.pdf
一步一步运行PLINK-part1.pdf
一步一步运行plink-part2.pdf
用PhyML构建系统发育树.pptx
进化树的构建分子原理.pdf

都在云盘(http://pan.baidu.com/s/1jIvwRD8 )里面，群空间（201161227）里面也有！

暂时应该不会写这些教程了，因为没有项目，实在没有动力去做那么多事情

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