下载最新版GO，并且解析好

ulwvfje — Sat, 12 Dec 2015 03:42:52 +0000

首先要明白，需要下载什么？

要下载四万多条GO记录的详细信息（http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo）

要下载GO与基因之间的对应关系！（物种）（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA）

去官网！

grep '\[Term\]' go-basic.obo |wc

43992 43992 307944

版本的区别!刚才我们下载的GO共有43992条，而以前的版本才38804条

GO与GO之间的关系

对应关系也在更新

> as.list(GOBPPARENTS['GO:0000042'])

$`GO:0000042`

is_a is_a is_a is_a

"GO:0000301" "GO:0006605" "GO:0016482" "GO:0072600"

library(org.Hs.eg.db)

library(GO.db)

> tmp=toTable(org.Hs.egGO) ##这个只包括基因与最直接的go的对应关系

> dim(tmp)

[1] 213101 4

> tmp2=toTable(org.Hs.egGO2ALLEGS) #这个是所有的基因与go的对应关系

> dim(tmp2)

[1] 2218968 4

基因与GO的对应关系也在更新

grep '^9606' gene2go |wc -l ### ##这个只包括基因与最直接的go的对应关系

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