我简单摘抄一些sepsis的概念，大家也可以找些review来看看

脓毒症（sepsis）是指由感染引起的全身炎症反应综合征（systemic inflammatory response syndrome, SIRS），临床上证实有细菌存在或有高度可疑感染灶。虽然脓毒症是由感染引起，但是一旦发生后，其发生发展遵循其自身的病理过程和规律，故从本质上讲脓毒症是机体对感染性因素的反应。

脓毒症的根本发病机制尚未明了，涉及到复杂的全身炎症网络效应、基因多态性、免疫功能障碍、凝血功能异常、组织损伤以及宿主对不同感染病原微生物及其毒素的异常反应等多个方面，与机体多系统、多器官病理生理改变密切相关，脓毒症的发病机制仍需进一步阐明。

1. 细菌内毒素：研究表明细菌的内毒素可以诱发脓毒症，脓毒症病理生理过程中出现的失控的炎性反应、免疫功能紊乱、高代谢状态及多器官功能损害均可由内毒素直接或间接触发。

2. 炎症介质：脓毒症中感染因素激活机体单核巨噬细胞系统及其他炎症反应细胞，产生并释放大量炎性介质所致。脓毒症时，内源性炎性介质，包括血管活性物质、细胞因子、趋化因子、氧自由基、急性期反应物质、生物活性脂质、血浆酶系统产物及血纤维蛋白溶解途径等相互作用形成网络效应并引起全身各系统、器官的广泛损伤。同时某些细胞因子，如肿瘤坏死因子（TNF）-α等可能在脓毒症的发生、发展中起到重要作用。

3. 免疫功能紊乱：脓毒症免疫障碍特征主要为丧失迟发性过敏反应、不能清除病原体、易感医源性感染。脓毒症免疫功能紊乱的机制，一方面是作为免疫系统的重要调节细胞T细胞功能失调，炎症介质向抗炎反应漂移，致炎因子减少，抗炎因子增多；另一方面则表现为免疫麻痹，即细胞凋亡与免疫无反应性，T细胞对特异性抗原刺激不发生反应性增殖或分泌细胞因子。

4. 肠道细菌/内毒素移位：20世纪80年代以来，人们注意到应激发生时导致的机体最大的细菌及内毒素储存库-肠道发生功能失调，进而引起的肠道细菌/内毒素移位所致感染与随后发生的脓毒症及多器官功能不全密切相关。研究表明，严重损伤后的应激反应可造成肠粘膜屏障破坏，肠道菌群生态失调及机体免疫功能下降，从而发生肠道细菌/内毒素移位，触发机体过度炎症反应与器官功能损害。

5. 凝血功能紊乱：凝血系统在脓毒症的发病过程中起着重要作用，它与炎症反应相互促进、共同构成脓毒症发生、发展中的关键因素。内毒素和TNF通过诱发巨噬细胞和内皮细胞释放组织因子，可激活外源性凝血途径，被内毒素激活的凝血因子XII也可进一步激活内源性凝血途径，最终导致弥漫性血管内凝血（DIC）。

6. 基因多态性：临床上常见受到同一致病菌感染的不同个体的临床表现和预后截然不同，提示基因多态性等遗传因素也是影响人体对应激打击易感性与耐受性、临床表现多样性及药物治疗反应差异性的重要因素。^[3]

参考自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5708e67101017ril.html 

我这里就不过多介绍这个疾病了，因为我大四在解放军总医院实习过一段时间，那时候本来准备拿某种中药对sepsis的改善作用来做毕业课题的，因为某些原因，最后转入了生物信息学方向，但是我对这个疾病一直有关注，正好现在要开始博士生涯了，有着大把的时间来选择自己的研究兴趣，想起来以前接触过的sepsis，这种复杂疾病更应该用高通量测序的方法来刻画里面的机制，而且我稍微检索了一些文献，发现这方面的研究的确很少，主要是miRNA的生物标记上面，我觉得这样是远远不够的， 我下面列出一些文献，如果有感兴趣的小伙伴可以跟我详细交流。可以发email给我，我的邮箱是jmzeng1314，是163邮箱，发信给我前，先看如果你希望我回答你的问题 这篇文章

2015-Personalized Medicine for Sepsis:

http://journals.lww.com/amjmedsci/Abstract/2015/11000/Personalized_Medicine_for_Sepsis.12.aspx

2015-Expression Profile of MicroRNAs in Gram-Negative Bacterial Sepsis:

 http://journals.lww.com/shockjournal/Abstract/2015/02000/Expression_Profile_of_MicroRNAs_in_Gram_Negative.4.aspx

2014- Review Neonatal sepsis. An old problem with new insights ：

 http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.4161/viru.26906

2015-Sepsis Induces Specific Changes in Histone Modification Patterns in Human Monocytes：

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0121748

2014-review-Gene expression profiling in sepsis: timing, tissue, and translational considerations :

 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1471491414000082

2014-Exome sequencing identifies a de novo SCN2A mutation in a patient :

 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/epi.12554/full

2015-Comparison of the miRNome and piRNome of bovine blood and plasma by small RNA sequencing :

http://link.springer.com/article/10.1007/s10529-015-1788-2

2015-review-Use of miRNAs as Biomarkers in Sepsis :

http://www.hindawi.com/journals/acp/2015/186716/abs/

2016-Circulating MicroRNAs as Biomarkers for Sepsis :

http://www.mdpi.com/1422-0067/17/1/78/htm

2013-review-Future novel diagnostics for sepsis - a systems biology approach :

 http://ccforum.biomedcentral.com/articles/10.1186/cc12693

2015-MicroRNA's are novel biomarkers in sepsis – A systematic review :

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2210844014200517

2015-Circulating microRNA-223 serum levels do not predict sepsis or survival in patients with critical illness :

 http://www.hindawi.com/journals/dm/2015/384208/abs/

2014-An integrated transcriptome and expressed variant analysis of sepsis survival and death:

 https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-014-0111-5

2016-Additional Draft Genome Sequences of Escherichia coli Strains Isolated from Septic Patients :

 http://genomea.asm.org/content/4/1/e01614-15.short

2016-Draft Genome Sequence of Klebsiella pneumoniae UCD-JA29 Isolated from a Patient with Sepsis :

http://genomea.asm.org/content/4/3/e00234-16.short

 

 

<img src="http://www.ebi.ac.uk/~nf/hts_mappers/mappers_timeline.jpeg" alt="Mappers Timeline" width="800">

Features Comparison

The following Table enables a comparison of mappers based on different characteristics. The table can be sorted by column (just click on the column name). The data was collected from different sources and in some cases was provided by the developers. For execution times and memory requirements we refer to the above mentioned review (supplementary data is available here).

http://www.nipgr.res.in/ngsqctoolkit.html

它列出了它的几个功能模块，还给出了下载地址，还给出了说明文档，下载压缩包，解压即可使用啦

更重要的是给出了测试数据和测试的结果，而且还专门测试了不同测序平台及不同的测序策略的使用说明

里面就是一些perl测序，其实自己都可以写的，分成了四大类。

其中统计的那个平均测序质量，我在前面仿写fastqc就写过，至于那个统计N50，更是生信常用的脚本。

但是大家可以看看这个perl程序来学perl语言，蛮不错的这些程序，都写的很标准。

比如那个TrimmingReads.pl

可以根据四个参数来选择性的对我们的原始reads进行过滤，当然很多其它的程序也有类似的功能，它的参数分别是铲掉5端的几个碱基或者3端的，或者根据测序质量来切除碱基，或者根据reads长度来取舍，都是挺实用的功能。但是我一般用LengthSort和DynamicTrim那两个程序，原因很简单，我老师是这样用的，所以我习惯了，哈哈