http://www.drive5.com/muscle/

进入主页，简单看看软件介绍，这个软件还是蛮牛的，一个人在家里自己写出来的，当然，对于普通人来说，这个软件跟clustalW没什么区别，反正都是多序列比对啦！

我们下载适合我们平台的版本即可！

准备数据，我这里选择的是几个短小的蛋白

这里有两种比对方式，都是很简单的命令

一种是先比对，再生成树文件（树的格式是Newick format, ）

muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a

muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy （这里有两种构建树的方式）

另外一种是比对成aln格式的数据，然后用其它软件（phyml或者phylip）来生出树文件

muscle -in mouse_J.pro   -clwout seqs.aln

可以看到比对的效果还是蛮好的，是aln格式的比对文件，这个格式非常常用

或者输出phy格式的比对文件，

muscle -in mouse_J.pro  -physout seqs.phy

可以被phyml等软件识别，然后来构建进化树，见  http://www.bio-info-trainee.com/?p=626