首先对bwa来说，如果它遇到一个reads可以比对到参考基因在的多个序列，只会随机的选取一个位置来输出到sam文件，但是会加上一个tag是XS:I:<N>来告诉我们第二好的比对情况的比对得分是多少，bowtie也是一样。但是它们都有参数来决定是否只对每个reads输出一条信息，还是输出全部的信息，在bwa是-a的参数，在bowtie里面是-m参数。

但是bowtie2里面取消了这个参数，它们都必须用XS:I:<N>这个tag来挑选unique mapped的reads

但是如果是用hisat来比对的话，决定是否是唯一比对的却是NH这个tag信息。默认情况下一条reads可以输出多条比对结果。

我想起了再补充吧，其实应该找几个例子用IGV看看，就明白了，可是我暂时没有时间了，只是觉得这个很重要，就提一下。