gene的symbol与entrez ID并不是绝对的一一对应的

ulwvfje — Wed, 27 Jan 2016 15:17:06 +0000

很多时候，我们都无法确定到底是基于symbol来进行分析，还是基于entrez ID，当我们要进行ID转换的时候也想当然的以为它们的一一对应的，但是最近我写了一个脚本来分析CCLE的数据的时候，发现其实有一些特例:

suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

all_symbol=mappedkeys(org.Hs.egSYMBOL2EG)

all_EGID =mappedkeys(org.Hs.egSYMBOL)

tmp=as.list(org.Hs.egSYMBOL2EG[all_symbol])

#tmp=as.list(org.Hs.egSYMBOL[all_EGID ])

tmp=unlist(lapply(tmp,length))

tmp=tmp[tmp>1]

as.list(org.Hs.egSYMBOL2EG[names(tmp)])

有多个entrez ID对应一个symbol的现象出现,但是没有一个symbol对应多个entrez ID的现象。而且entrez ID也会过期！

$CSNK1E

[1] "1454" "102800317"

$HBD

[1] "3045" "100187828"

$RNR1

[1] "4549" "6052"

$RNR2

[1] "4550" "6053"

$SFPQ

[1] "6421" "654780"

$TEC

[1] "7006" "100124696"

$MEMO1

[1] "7795" "51072"

$KIR3DL3

[1] "115653" "100133046"

$MMD2

[1] "221938" "100505381"

$`LSAMP-AS1`

[1] "100506708" "101926903"

通过下面的链接可以看到具体情况

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=100506708

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=101926903

Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程

ulwvfje — Tue, 31 Mar 2015 07:28:29 +0000

这个工具主要是针对不会bioperl不会API调取数据的生信纯菜鸟准备的，主要是方便大家批量研究某些感兴趣的基因，需要准备的数据就是基因名或者基因的ID号，能从该网站获取的资料非常多，可以是关于你的输入的基因名的各种数据库有的信息。

http://www.ensembl.org/biomart/

第一步：选取数据库，我一般选取人的

第二步，选择上传数据的格式

这个下拉框里面可以选取很多种格式，你随便张贴进去哪一种格式的基因ID都可以，也可以把做好的ID文件上传进去，批量获取基因信息。

我这里输入的是几个免疫基因。

第三步，选择下载数据的格式

首先可以选择你上传的gene的可以转换的各种ID

然后可以选择你上传的gene的各种序列

可以选择的信息非常多，基本上可以想到的转换在这里都能做！！！

但是，始终没有脚本方便，只适合不太懂编程的菜鸟使用！

然后点击result即可，看到结果还可以导出成txt文档，点击右上角的GO即可

生信菜鸟团 » ID

gene的symbol与entrez ID并不是绝对的一一对应的

Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程