其实有了NCBI的entrez ID，然后还有refseq里面的ID，还有ensembl的ID，还有基因本身的功能英文缩略简称，已经很麻烦了，又来了一个HGNC，唉，头疼！

The HGNC approves both a short-form abbreviation known as a gene symbol, and also a longer and more descriptive name.

可以下载整个数据，用脚本慢慢研究研究

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/genenames/new/tsv/hgnc_complete_set.txt

还是看看BRCA1这个基因，里面的信息挺多的，主要看HGNC:1100，就是这个数据库对它这个基因的编号

HGNC:1100

BRCA1  这个是基因名，需要得到该组织的认可！！！！

breast cancer 1, early onset protein-coding gene gene with protein product Approved

17q21.31 17q21.31

"RNF53|BRCC1|PPP1R53|FANCS" "BRCA1/BRCA2-containing complex, subunit 1|protein phosphatase 1, regulatory subunit 53|Fanconi anemia, complementation group S" "Ring finger proteins|Protein phosphatase 1 regulatory subunits" "58|694"

1991-02-20T00:00:00Z

2015-04-18T00:00:00Z

672     这里是entrez ID

ENSG00000012048  这里是ensembl的ID，

OTTHUMG00000157426 uc002ict.3 U14680 NM_007294

"CCDS11453|CCDS11454|CCDS11455|CCDS11456|CCDS11459|CCDS11455|CCDS11456|CCDS11459|CCDS11454" P38398 1676470 MGI:104537 RGD:2218

"Breast Cancer|http://research.nhgri.nih.gov/bic/|BRCA1 database at LOVD-China|http://genomed.org/LOVD/BC/home.php?select_db=BRCA1|LOVD - Leiden Open Variation Database|http://chromium.liacs.nl/LOVD2/cancer/home.php?select_db=BRCA1|LOVD - Leiden Open Variation Database|http://proteomics.bio21.unimelb.edu.au/lovd/genes/BRCA1|LRG_292|http://www.lrg-sequence.org/LRG/LRG_292"

BRCA1 113705 119068

数据结构大概就是这个样子的了！

• HGNC Database
• Ensembl
• Entrez Gene
• GeneCards
• Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)

这几个数据库的内容都是互相链接的！

然后我们看看HGNC数据库的一些统计信息

http://www.genenames.org/cgi-bin/statistics

总共有40392个基因信息

其中18990个是能编码蛋白产物的基因，它们大多有GO注释

其中5927个是non-coding RNA，是现在的研究热门。

还有12546个是假基因，挺复杂的

最后还有1188个免疫相关基因，位置基因，病毒基因等等

最后，送给大家一个彩蛋！还有十一个物种也是有一个命名委员会的！

类似于 Mouse Gene Nomenclature Committee (MGNC).  Please see the following links:

• Mouse: http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/
• Rat: http://rgd.mcw.edu/nomen/nomen.shtml 
• Chicken: http://www.agnc.msstate.edu/
• Anolis lizard http://lizardbase.org/pages/agnc.html
• Xenopus: http://www.xenbase.org/gene/static/geneNomenclature.jsp
• Zebrafish: https://wiki.zfin.org/display/general/ZFIN+Zebrafish+Nomenclature+Guidelines
• Drosophila: http://flybase.org/static_pages/docs/nomenclature/nomenclature3.html
• elegans: http://wiki.wormbase.org/index.php/Nomenclature
• Arabidopsis: http://www.arabidopsis.org/portals/nomenclature/guidelines.jsp
• cerevisiae: http://www.yeastgenome.org/gene_guidelines.shtml
• pombe: http://www.pombase.org/submit-data/gene-naming-guidelines 

参考文献;

Gray KA, Yates B, Seal RL, Wright MW, Bruford EA. genenames.org: the HGNC resources in 2015. Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D1079-85. doi: 10.1093/nar/gku1071. PMID:25361968