source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")

然后查看我们下载的这个包里面所包含的信息

> txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene

> txdb

TxDb object:

| Db type: TxDb

| Supporting package: GenomicFeatures

| Data source: UCSC

| Genome: hg19

| Organism: Homo sapiens

| UCSC Table: knownGene

| Resource URL: http://genome.ucsc.edu/

| Type of Gene ID: Entrez Gene ID

| Full dataset: yes

| miRBase build ID: GRCh37

| transcript_nrow: 82960

| exon_nrow: 289969

| cds_nrow: 237533

| Db created by: GenomicFeatures package from Bioconductor

| Creation time: 2014-09-26 11:16:12 -0700 (Fri, 26 Sep 2014)

| GenomicFeatures version at creation time: 1.17.17

| RSQLite version at creation time: 0.11.4

| DBSCHEMAVERSION: 1.0

可以看到这个UCSC数据库发布的经典的hg19版本基因组所有的基因信息，共有237533个CDS，共有289969个外显子

然后我们可以用几个简单的函数提取信息

>genes(txdb)

可以看到genes函数可以提取23056个基因信息，还是一个Granges对象

>exons(txdb)

而用exons函数可以提取这个txdb对象的exons信息，共289969个exon

同理还有 transcripts函数可以提取转录本信息，共82960个转录本

还有cds函数，提取到237533个cds信息

#我们可以提取外显子的GRanges对象来具体看看，也可以用genes,transcripts,cds等函数

exon_txdb=exons(txdb)

seqnames(exon_txdb)返回一个class 'Rle' [package "S4Vectors"] with 4 slots，有93个染色体信息，以及每条染色体上面有多少个外显子信息

ranges(exon_txdb)返回外显子的起始终止位点，长度，以及其它信息，也是一个对象class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots

还有很多函数

strand(exon_txdb)返回外显子的正负链信息，要么在正链要么在负链

mcols(exon_txdb)返回exon的id编号，1到27750个

seqlengths(exon_txdb)返回每条染色体的长度信息

names,length

GRanges对象还有很多其它类型的操作，非常好玩的，split,shift,resize,flank,reduce,gaps,disjoin,coverage

其它求交集并集和都可以用,union,intersect,setdiff,pintersect,psetdiff

然后我们再回头看看我们的重点，txdb对象

transcriptsBy(txdb,by="gene")

这个是把我们对象按照gene来对转录本分组，可以看到，分成了23459个元素的list，其中第一个基因有两个转录本，也有一些基因只有一个转录本，甚至有些基因会有非常多的转录本，也可以用exonsBy,cdsBy来对它进行处理

每一个元素都是GRangesList对象，就是前面的GRanges对象，

seqnames(x)

ranges(x)

strand(x)

mcols(x, use.names=FALSE)

elementMetadata(x)

values(x)

seqinfo(x)

seqlevels(x)

seqlengths(x)

isCircular(x)

genome(x)

seqnameStyle(x)

seqnames(x)

score(x)

还有很多关于它的介绍

http://web.mit.edu/r_v3.0.1/lib/R/library/GenomicRanges/html/GRangesList-class.html