使用GEOmetadb包来获取对应GEO数据的实验信息

ulwvfje — Thu, 29 Oct 2015 02:30:27 +0000

理论上我前面提到的GEOquery包就可以根据一个GSE索引号来获取NCBI提供的所有关于这个GSE索引号的数据了，包括metadata，表达矩阵，soft文件，还有raw data

但是很多时候，那个metadata并不是很整齐，而且一个个下载太麻烦了，所以就需要用R的bioconductor的另一个神奇的包了GEOmetadb

它的示例：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GEOmetadb/inst/doc/GEOmetadb.R

它的主页：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/GEOmetadb.html

里面还是很多数据库基础知识的

代码托管在github，它的示例代码是这样连接数据库的：

library(GEOmetadb)
if(!file.exists('GEOmetadb.sqlite')) getSQLiteFile()
file.info('GEOmetadb.sqlite')
con <- dbConnect(SQLite(),'GEOmetadb.sqlite')
dbDisconnect(con)
但是一般不会成功，因为这个包把它的GEOmetadb.sqlite文件放在了国外网盘共享，在国内很难访问，推荐大家想办法下载到本地

用这个代码就会成功了，需要自己下载GEOmetadb.sqlite文件然后放在指定目录：/path/GEOmetadb.sqlite 需要自己修改
我们的diabetes.GEO.list文件内容如下：
GSE1009
GSE10785
GSE1133
GSE11975
GSE121
GSE12409
那么会产生的表格文件如下：共有32列数据信息，算是蛮全面的了

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使用GEOmetadb包来获取对应GEO数据的实验信息