source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(“GenomicAlignments”)

这个包设计就是用来处理bam格式的比对结果的，具体功能非常多，其实还不如自己写脚本来做这些工作，更方便一点，实在没必要学别人的语法。大家有兴趣可以看GenomicAlignments的主页介绍，三个pdf文档来介绍。

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenomicAlignments.html

我们首先读取示例pasillaBamSubset包带有的bam文件

library(pasillaBamSubset)

un1 <- untreated1_chr4()  # single-end reads

library(GenomicAlignments)

reads1 <- readGAlignments(un1)

查看reads1这个结果，可以看到把这个bam文件都读成了一个数据对象GAlignments object，

readGAlignments这个函数就是读取我们bam文件的，生成的对象可以用多个函数来继续查看信息，比如它的列名都是函数

Seqnames(),strand(),cigar(),qwidth(),start(),end(),width(),njunc() 这些函数对这个GAlignments对象处理后会得到比对的各个情况的向量。

我们也可以读取这个GenomicAlignments包自带的bam文件，而不是pasillaBamSubset包带有的bam文件

> fls <- list.files(system.file("extdata", package="GenomicAlignments"),+                   recursive=TRUE, pattern="*bam$", full=TRUE)

> fls

[1] "C:/Program Files/R/R-3.1.2/library/GenomicAlignments/extdata/sm_treated1.bam"  [2] "C:/Program Files/R/R-3.1.2/library/GenomicAlignments/extdata/sm_untreated1.bam"

reads1 <- readGAlignments(fls[1])

比如我随意截图 cigar(reads1)的结果，就可以看出，大部分都是75M这样的比对情况，可以对这个向量进行统计完全匹配的情况，总共有6077总比对情况。

unique(cigar(reads1))

也可以用table格式来查看cigar，可以看到大部分都是M

head(cigarOpTable(cigar(reads1)))

接下来我们再读取PE测序数据的比对bam结果，看看分析方法有哪些。

U3.galp <- readGAlignmentPairs(untreated3_chr4(), use.names=TRUE, param=param0)head(U3.galp)

也可以分开查看左右两端测序数据的比对情况，跟上面的head是对应关系，上面的

[169,  205] -- [ 326,  362]在下面就被分成左右两个比对情况了。

> head(first(U3.galp))

GAlignments object with 6 alignments and 0 metadata columns:      seqnames strand       cigar    qwidth     start       end     width     njunc         <Rle>  <Rle> <character> <integer> <integer> <integer> <integer> <integer>  [1]     chr4      +         37M        37       169       205        37         0  [2]     chr4      +         37M        37       943       979        37         0  [3]     chr4      +         37M        37       944       980        37         0  [4]     chr4      +         37M        37       946       982        37         0  [5]     chr4      +         37M        37       966      1002        37         0  [6]     chr4      +         37M        37       966      1002        37         0  -------  seqinfo: 8 sequences from an unspecified genome

> head(last(U3.galp))

GAlignments object with 6 alignments and 0 metadata columns:      seqnames strand       cigar    qwidth     start       end     width     njunc         <Rle>  <Rle> <character> <integer> <integer> <integer> <integer> <integer>  [1]     chr4      -         37M        37       326       362        37         0  [2]     chr4      -         37M        37      1086      1122        37         0  [3]     chr4      -         37M        37      1119      1155        37         0  [4]     chr4      -         37M        37       986      1022        37         0  [5]     chr4      -         37M        37      1108      1144        37         0  [6]     chr4      -         37M        37      1114      1150        37         0  -------  seqinfo: 8 sequences from an unspecified genome

用isProperPair可以查看pe测序数据比对情况的，哪些没有配对比对成功

> table(isProperPair(U3.galp))FALSE  TRUE 29518 45828

还可以用Rsamtools包对我们的bam文件进行统计，看下面的代码中fls[1]和un1都是上面得到的bam文件全路径。

> library(Rsamtools)

> quickBamFlagSummary(fls[1], main.groups.only=TRUE)

group |    nb of |    nb of | mean / max                                   of |  records |   unique | records per                              records | in group |   QNAMEs | unique QNAMEAll records........................ A |     1800 |     1800 |    1 / 1  o template has single segment.... S |     1800 |     1800 |    1 / 1  o template has multiple segments. M |        0 |        0 |   NA / NA      - first segment.............. F |        0 |        0 |   NA / NA      - last segment............... L |        0 |        0 |   NA / NA      - other segment.............. O |        0 |        0 |   NA / NA Note that (S, M) is a partitioning of A, and (F, L, O) is a partitioning of M.Indentation reflects this.

> library(Rsamtools)

> quickBamFlagSummary(un1, main.groups.only=TRUE)

group |    nb of |    nb of | mean / max                                   of |  records |   unique | records per                              records | in group |   QNAMEs | unique QNAMEAll records........................ A |   204355 |   190770 | 1.07 / 10  o template has single segment.... S |   204355 |   190770 | 1.07 / 10  o template has multiple segments. M |        0 |        0 |   NA / NA      - first segment.............. F |        0 |        0 |   NA / NA      - last segment............... L |        0 |        0 |   NA / NA      - other segment.............. O |        0 |        0 |   NA / NA Note that (S, M) is a partitioning of A, and (F, L, O) is a partitioning of M.Indentation reflects this.

下面讲最后一个综合应用

biocLite("RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14")

#这是一个665.5MB的RNA-seq测序数据的比对结果

library(RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14)bamfiles <- RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14_BAMFILESnames(bamfiles)  # the names of the runslibrary(Rsamtools)quickBamFlagSummary(bamfiles[1], main.groups.only=TRUE)flag1 <- scanBamFlag(isFirstMateRead=TRUE, isSecondMateRead=FALSE,                     isDuplicate=FALSE, isNotPassingQualityControls=FALSE)param1 <- ScanBamParam(flag=flag1, what="seq") #这里是设置readGAlignments的读取参数library(GenomicAlignments)gal1 <- readGAlignments(bamfiles[1], use.names=TRUE, param=param1)

mcols(gal1)$seqoqseq1 <- mcols(gal1)$seqis_on_minus <- as.logical(strand(gal1) == "-")oqseq1[is_on_minus] <- reverseComplement(oqseq1[is_on_minus])

这样就还原得到了原始测序数据啦！