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	<title>生信菜鸟团 &#187; entrez ID</title>
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	<description>欢迎去论坛biotrainee.com留言参与讨论，或者关注同名微信公众号biotrainee</description>
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		<title>gene symbol 中的奇怪开头基因</title>
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		<pubDate>Sun, 11 Dec 2016 00:48:20 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[R]]></category>
		<category><![CDATA[基础数据格式]]></category>
		<category><![CDATA[entrez ID]]></category>
		<category><![CDATA[symbol]]></category>
		<category><![CDATA[基因对应]]></category>

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		<description><![CDATA[这本是我为论坛的基础板块写的一个基础知识点，但是浏览量实在有限，不忍它蒙尘，特在 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/2129.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p>这本是我为论坛的基础板块写的一个基础知识点，但是浏览量实在有限，不忍它蒙尘，特在博客重新发布一次！原帖见：<a href="http://www.biotrainee.com/thread-511-1-1.html" target="_blank">http://www.biotrainee.com/thread-511-1-1.html</a></p>
<p>gene symbol 是非常官方的，由HUGO 组织负责维护，有专门的数据库HGNC database of human gene names | HUGO<br />
以前分析数据的时候，有一些基因的symbol很奇怪，让我百思不得其解，比如<br />
C orf 系列基因，<br />
HS.系列基因，<br />
KRTAP系列基因，<br />
LOC系列基因，<br />
MIR系列基因，<br />
LINC系列基因<br />
它们往往一个系列，就有好几百个基因；<br />
C12orf44; Chromosome 12 Open Reading Frame 44;  这个是C orf系列基因的意思<br />
MIR系列基因应该是 miRNA相关的基因<br />
LINC系列基因应该就是long intergenic non-protein coding RNA<br />
LOC系列基因，是非正式的，推定的，日后可能被更合适的名字替代<br />
我这里做好了所有的基因对应关系，去生信菜鸟团QQ群里下载吧，共47938个基因的symbol和entrez gene id还有name，还有alias的对应!</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/12/12.png"><img class="alignnone size-full wp-image-2130" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/12/12.png" alt="1" width="535" height="450" /></a><br />
还有一些RNA基因，根本就没有symbol，比如：CTA/B/C/D系列的<br />
Aliases for ENSG00000271971 Gene<br />
Quality Score for this RNA gene is 1<br />
Aliases for ENSG00000271971 Gene<br />
CTD-2006H14.2 5<br />
External Ids for ENSG00000271971 Gene<br />
Ensembl: ENSG00000271971<br />
还有，如果你看到HS.开头的基因，它是unigene的ID了，已经不再是symbol啦。</p>
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