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	<title>生信菜鸟团 &#187; entez ID</title>
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		<title>NCBI的基因entrez ID相关文件介绍</title>
		<link>http://www.bio-info-trainee.com/75.html</link>
		<comments>http://www.bio-info-trainee.com/75.html#comments</comments>
		<pubDate>Tue, 10 Mar 2015 14:05:29 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[基础数据库]]></category>
		<category><![CDATA[ENSEMBL]]></category>
		<category><![CDATA[entez ID]]></category>
		<category><![CDATA[ncbi]]></category>

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		<description><![CDATA[NCBI的基因entrez ID相关文件介绍 地址：ftp://ftp.ncbi &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/75.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: center;"><strong>NCBI的基因entrez ID相关文件介绍</strong></p>
<p>地址：<a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/</a></p>
<p>里面主要有以下几个文件</p>
<p><b><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍124.png"><img class="alignnone size-full wp-image-76" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍124.png" alt="NCBI的基因entrez相关文件介绍124" width="554" height="221" /></a></b></p>
<p><span id="more-75"></span></p>
<p>我这里主要介绍gene2ensembl，gene2accession， gene2pubmed，gene2go，gene_info信息文件，它们的核心连接是gene的entrez ID号，了解了以下文件之后，可以把gene的entrez ID随意转换为ensembl的ID号，也可以随意转为基因名字，或者基因的通路信息。解压之后的大小如下：</p>
<p><b><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍492.png"><img class="alignnone size-full wp-image-77" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍492.png" alt="NCBI的基因entrez相关文件介绍492" width="241" height="60" /></a></b></p>
<p><b>一：</b><b>第一个文件是gene2ensembl</b></p>
<p><b><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍859.png"><img class="alignnone size-full wp-image-78" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍859.png" alt="NCBI的基因entrez相关文件介绍859" width="643" height="118" /></a></b></p>
<p><b><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍1094.png"><img class="alignnone size-full wp-image-79" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍1094.png" alt="NCBI的基因entrez相关文件介绍1094" width="615" height="121" /></a></b></p>
<p>第一列：物种ID号</p>
<p>第二列：gene的entrez ID号</p>
<p>第三列：Ensembl_gene ID号</p>
<p>第四列：RNA的NCBI索取号</p>
<p>第五列：RNA的Ensembl_ ID号</p>
<p>第六列：protein的NCBI索取号</p>
<p>第七列：protein的Ensembl_ ID号</p>
<p>一般，一个gene有多个蛋白</p>
<p>7227是果蝇的物种ID号，30970这个gene ID号对应两个转录本</p>
<p>&nbsp;</p>
<p><b>第二个文件是gene2accession</b></p>
<p><b><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍1553.png"><img class="alignnone size-full wp-image-80" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍1553.png" alt="NCBI的基因entrez相关文件介绍1553" width="918" height="57" /></a></b></p>
<p>第一列：物种ID号</p>
<p>第二列：gene的entrez ID号</p>
<p>第三列：status</p>
<p>第四列：RNA_nucleotide_accession.version，RNA_nucleotide_gi</p>
<p>第五列：protein_accession.version ，protein_gi</p>
<p>第六列：genomic_nucleotide_accession.version，genomic_nucleotide_gi</p>
<p>第七列：然后是start和end的pos坐标，还有正负链的标记</p>
<p>第八列:</p>
<p><b>第三个文件是 gene2pubmed</b></p>
<p><b><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍1912.png"><img class="alignnone size-full wp-image-81" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍1912.png" alt="NCBI的基因entrez相关文件介绍1912" width="182" height="130" /></a></b></p>
<p>总共只有三列，分别是物种ID号，gene的entrez ID号，和对应的pubmed ID号</p>
<p>#Format: tax_id GeneID PubMed_ID (tab is used as a separator, pound sign - start of a comment)</p>
<p>其中一个物种里面有多个基因，一个基因会在多篇文献里面都有报道。</p>
<p><b>第四个文件是gene2go</b></p>
<p><b><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍2303.png"><img class="alignnone size-full wp-image-82" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/NCBI的基因entrez相关文件介绍2303.png" alt="NCBI的基因entrez相关文件介绍2303" width="640" height="127" /></a></b></p>
<p>主要看第三列的GO_ID与第四列的gene_name对应着</p>
<p>#Format: tax_id     GeneID     GO_ID     Evidence         Qualifier         GO_term         PubMed         Category</p>
<p>其中一个物种里面有多个基因，一个基因会有多个GO通路</p>
<p><b>第五个文件是gene_info      </b></p>
<p><b>主要是连接了</b>gene的entrez ID与基因的俗名及其描述。</p>
<p>其中比较重要的是Homo_sapiens.gene_info 这个文件。</p>
<p>&nbsp;</p>
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