Bioconductor的包都是同样的安装方法：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("DO.db")

还有GO.bd包是完全一模一样的规则！！！

加载这个包可以发现它依赖于好几个其它的包，这也是我比较喜欢R的原因，它会自动把它需要的包全部安装加载进来，不需要自己一个个调试！

> library(DO.db)

载入需要的程辑包：AnnotationDbi

载入需要的程辑包：stats4

载入需要的程辑包：GenomeInfoDb

载入需要的程辑包：S4Vectors

载入需要的程辑包：IRanges

载入需要的程辑包：DBI

> help(DO.db)

> ls("package:DO.db")

[1] "DO"          "DO_dbconn"   "DO_dbfile"   "DO_dbInfo"   "DO_dbschema" "DOANCESTOR"  "DOCHILDREN"  "DOID"        "DOMAPCOUNTS"

[10] "DOOBSOLETE"  "DOOFFSPRING" "DOPARENTS"   "DOSYNONYM"   "DOTERM"      "DOTerms"     "Secondary"   "show"        "Synonym"

[19] "Term"

这个包里面有19个数据对象！都是比较高级的S4对象。

比如我们可以拿DOTERM[1:10]这个小的数据对象来做例子！example=DOTERM[1:10]

因为example是一个高级对象，所以无法直接查看，需要用as.list方法来查看

> as.list(example)

$`DOID:0001816`DOID: DOID:0001816Term: angiosarcomaSynonym: DOID:267Synonym: DOID:4508Synonym: "hemangiosarcoma" EXACT []Secondary: DOID:267Secondary: DOID:4508

~~~~~~~~~~~~共十个DO条目

对每一个DO条目来说都有DOID,Term,Synony这些函数可以取对应的值。

下面是对DO的有向无环图的数据解读

xx <- as.list(DOANCESTOR)可以查看每个DO与它所对应的上级条目DO，每个DO都会有不止一个的上级DO。

xx <- as.list(DOPARENTS)可以查看每个DO与它所对应的父条目DO，每个DO都有且只有一个父DO。

xx <- as.list(DOOFFSPRING)可以查看每个DO与它所对应的下级DO的关系列表，大多数DO都不止一个子条目DO，所有的下级DO都会列出。

xx <- as.list(DOCHILDREN)以查看每个DO与它所对应的子条目DO的关系列表，大多数DO都不止一个子条目DO。

还有Lkeys(DOTERM)可以查看数据库里面的所有的DO条目的ID号

> head(keys(DOTERM))

[1] "DOID:0000000" "DOID:0001816" "DOID:0002116" "DOID:0014667" "DOID:0050004" "DOID:0050012"

dbmeta(GO_dbconn(), "GOSOURCEDATE")

可以查看这个DO库的制备时间

> dbmeta(DO_dbconn(), "DOSOURCEDATE")

[1] "20140417"