这是跟tophat和cufflinks套装紧密搭配使用的一个R包，能出大部分文章要求的标准化图片。

一：安装并加装该R包

安装就用source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ;biocLite("cummeRbund")即可，如果安装失败，就需要自己下载源码包，然后安装R模块。

然后把cuffdiff输出的文件目录拷贝到R的工作目录，或者自己设置工作目录

二：读取FN目录下面的所有文件。

可以看到把cuffdiff下面的文件夹所有的文件都读取到了，里面有如下文件，包括genes，isoforms，cds，tss这四种差异情况都读取了。

三：表达水平分布图

四、表达水平箱线图

csBoxplot(genes(cuff_data))

五、画基因表达差异热图

画出热图如下

六、得到差异的genes,isoforms,TSS,CDS等等

• 得到上调下调基因列表

diffData <- diffData(myGenes )

只有一百个有表达差异的基因

最后贴出一个综合性的代码，算了，太浪费空间了，把整个空间搞得不好看，就不贴了。

这个代码可以自动运行出图;