使用CEAS软件来对CHIP-seq的peaks进行

ulwvfje — Thu, 07 Jul 2016 13:09:10 +0000

哈佛刘小乐实验室出品的软件，可以跟MACS软件call到的peaks文件无缝连接，实现peaks的注释以及可视化分析

该软件的主页里面很清楚的介绍了它可以做的图，以及每个图的意义：http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/usermanual.html

我这里简单讲一下该软件如何安装以及使用，我这里还是使用我们的CHIP-seq分析系列教程的测试数据。

## 首先安装软件，是一个python程序，非常好安装

## Download and install CEAS

## http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/download.html

cd ~/biosoft

mkdir CEAS  &&  cd CEAS

wget  http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/src/CEAS-Package-1.0.2.tar.gz

tar zxvf CEAS-Package-1.0.2.tar.gz

cd  CEAS-Package-1.0.2

python setup.py install --user

## http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/usermanual.html

~/.local/bin/ceas --help

## 然后测试软件自带的数据

cd ~/biosoft/CEAS

mkdir testData && cd testData

## Human CD4T+ H3K36me3 ChIP-Seq data

wget http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/src/H3K36me3_MACS_pval1e-5_peaks.bed.zip

wget http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/src/H3K36me3.wig.zip

#########################run CEAS in the default mode##########################

$ ceas -g gdb -b bed -w wig

where gdb, bed, and wig stands for a sqlite3 file with a gene annotation table and genome background annotation, a BED file with ChIP regions, and a WIG file with ChIP enrichment signal file, respectively.

#########################example for test data : ####################

wget http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/src/hg18.refGene.gz

数据详情如下：

300M May 20 2009 H3K36me3.wig

68M May 20 2009 H3K36me3.wig.zip

110K May 20 2009 H3K36me3_MACS_pval1e-5_peaks.bed

43K May 20 2009 H3K36me3_MACS_pval1e-5_peaks.bed.zip

11M Dec 2 2010 hg18.refGene

用测试数据来测试我们的CEAS软件：

~/.local/bin/ceas --name=H3K36me3_ceas --pf-res=20 \

--gn-group-names='Top 10%,Bottom 10%' -g hg18.refGene -b H3K36me3_MACS_pval1e-5_peaks.bed -w H3K36me3.wig

但是有个重点，如何获取wig文件： https://github.com/crazyhottommy/ChIP-seq-analysis

因为我这里只是用了bowtie比对了得到了bam文件，并没有用MACS软件

GSM1278641 Xu_MUT_rep1_BAF155_MUT SRR1042593

GSM1278642 Xu_MUT_rep1_Input SRR1042594

我用的是perl单行命令把bam文件转为wig格式，我这里就拿上面两个样本数据做例子：

samtools depth SRR1042593.sorted.bam | perl -ne 'BEGIN{ print "track type=print wiggle_0 name=SRR1042593 description=SRR1042593\n"}; ($c, $start, $depth) = split; if ($c ne $lastC) { print "variableStep chrom=$c span=10\n"; };$lastC=$c; next unless $. % 10 ==0;print "$start\t$depth\n" unless $depth<3' > SRR1042593.wig

samtools depth SRR1042594.sorted.bam | perl -ne 'BEGIN{ print "track type=print wiggle_0 name=SRR1042594 description=SRR1042594\n"}; ($c, $start, $depth) = split; if ($c ne $lastC) { print "variableStep chrom=$c span=10\n"; };$lastC=$c; next unless $. % 10 ==0;print "$start\t$depth\n" unless $depth<3' > SRR1042594.wig

通过上面的学习，我们学会了该软件的使用，就可以拿自己的数据来玩一玩了。

## 然后处理我们直接的数据

mkdir annotation  &&  cd annotation

wget http://liulab.dfci.harvard.edu/CEAS/src/hg19.refGene.gz ; gunzip hg19.refGene.gz

~/.local/bin/ceas --name=H3K36me3_ceas --pf-res=20 --gn-group-names='Top 10%,Bottom 10%'  \

-g hg19.refGene -b  ../paper_results/GSM1278641_Xu_MUT_rep1_BAF155_MUT.peaks.bed -w ../rawData/SRR1042593.wig

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