首先讲讲它的对象

有下面几个字符串对象BString, DNAString, RNAString and AAString可以通过以下代码构造它们：

b <- BString("I am a BString object")

d <- DNAString("TTGAAAA-CTC-N")

这两个对象的区别是DNAstring对象对字符串的要求严格一些，只有IUPAC字符和+-字符可以。

对构造好的对象可以通过下标来取子字符串对象，也可以通过subseq来取，但是子字符串仍然是数据对象，只有通过toString函数才能把它们转化成字符串。

用length(dd2)和nchar(toString(dd2))都可以找到我们Biostrings对象的长度。但是后者速度会很慢。

Views(RNAString("AU"), start=0, end=2)这个函数可以把string对象任意截取成list

start, end and width可以作用于我们截取的list，判断list里面的元素在原来的string对象上面的起始终止及长度信息。

接下来讲这个包带有的一个比对函数！

> pairwiseAlignment(pattern = c("succeed", "precede"), subject = "supersede")

Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 2)pattern: [1] succ--eed subject: [1] supersede score: -33.99738

> pairwiseAlignment(pattern = c("succeed", "precede"), subject = "supersede",type = "local")

Local PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 2)pattern: [1] su subject: [1] su score: 5.578203

> pairwiseAlignment(pattern = c("succeed", "precede"), subject = "supersede",gapOpening = 0, gapExtension = 1)

Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 2)pattern: [1] su-cce--ed subject: [1] sup--

可以看出这个比对函数可以调整的参数实在是太多了，而且改变参数之后比对情况大不一样，还有很多参数就不一一细讲了。

这个比对结果可以赋值给一个变量，保存比对的对象。

psa1 <- pairwiseAlignment(pattern = c("succeed", "precede"), subject = "supersede")

class(psa1)

summary(psa1)

class(pattern(psa1))

class(summary(psa1))

score(psa2)

还可以自己构建打分矩阵来进行比对。

submat <-

+ matrix(-1, nrow = 26, ncol = 26, dimnames = list(letters, letters))

diag(submat) <- 0

psa2 <-pairwiseAlignment(pattern = c("succeed", "precede"), subject = "supersede",substitutionMatrix = submat, gapOpening = 0, gapExtension = 1)

我们的包还自带了两个非常流行的氨基酸比对矩阵PAM和BLOSUM

ls("package:Biostrings")可以查看这个包所有的对象。

data(package="Biostrings")可以查看这个包所有的数据对象

还有很多其它函数

还可以去除adaptor，挺好玩的

既然有配对比对函数，那么就有多重比对函数！

我们可以读取clustaW, Phylip and Stolkholm这几种不同的比对结果文件来构造多重比对对象。

library(Biostrings)这个包里面自带了两个文件，我们可以示范一下构建对象。

origMAlign <- readDNAMultipleAlignment(filepath = system.file("extdata", "msx2_mRNA.aln", package="Biostrings"), format="clustal")

phylipMAlign <- readAAMultipleAlignment(filepath = system.file("extdata","Phylip.txt", package="Biostrings"),format="phylip")

对构造好的多重比对对象就可以构建进化树啦，代码如下！

sdist <- stringDist(as(origMAlign,"DNAStringSet"), method="hamming")

> clust <- hclust(sdist, method = "single")

> pdf(file="badTree.pdf")

> plot(clust)

> dev.off()