生信菜鸟团 » 预处理 http://www.bio-info-trainee.com 欢迎去论坛biotrainee.com留言参与讨论，或者关注同名微信公众号biotrainee Sat, 28 Jun 2025 14:30:13 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=4.1.33 NGS QC Toolkit 对测序reads进行简单过滤 http://www.bio-info-trainee.com/522.html http://www.bio-info-trainee.com/522.html#comments Sun, 29 Mar 2015 14:04:44 +0000 http://www.bio-info-trainee.com/?p=522 Continue reading →]]> 这个软件其实我真心不需要讲些什么了，它的官网写的太好了，简直就是软件说明书的典范

http://www.nipgr.res.in/ngsqctoolkit.html

它列出了它的几个功能模块，还给出了下载地址，还给出了说明文档，下载压缩包，解压即可使用啦

更重要的是给出了测试数据和测试的结果，而且还专门测试了不同测序平台及不同的测序策略的使用说明

 

NGS QC Toolkit 对测序reads进行简单过滤264

里面就是一些perl测序，其实自己都可以写的，分成了四大类。

其中统计的那个平均测序质量，我在前面仿写fastqc就写过，至于那个统计N50，更是生信常用的脚本。

但是大家可以看看这个perl程序来学perl语言，蛮不错的这些程序，都写的很标准。

比如那个TrimmingReads.pl

NGS QC Toolkit 对测序reads进行简单过滤576

可以根据四个参数来选择性的对我们的原始reads进行过滤，当然很多其它的程序也有类似的功能，它的参数分别是铲掉5端的几个碱基或者3端的，或者根据测序质量来切除碱基，或者根据reads长度来取舍，都是挺实用的功能。但是我一般用LengthSort和DynamicTrim那两个程序，原因很简单，我老师是这样用的，所以我习惯了，哈哈

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