没必要学shell进阶语法

ulwvfje — Mon, 22 Feb 2016 12:29:07 +0000

因为大部分生物信息学软件都是linux版本的，所以生物信息学数据分析工作者必备技能就是linux，但是大部分人只是拿他当个中转站，我以前也是，直到接触了大批量的任务，自动化流程，才明白这里面的水太深了，不过无所谓，凭我个人的观点，其实shell的进阶语法真的不必要！

当然，只是我一家之言！

我实在是不想去背诵大括号，小括号，中括号以及双重括号到底区别是什么！

http://www.bio-info-trainee.com/?p=1018 [],[[]],(),(()),{},{{}},以及在前面加上$的区别，以及它们互相杂交组合的区别！！！

我也不想去搞明白操作符两边是否加空格的区别是什么了。

if((i%5==0)) 来判断变量是否被一个数整除

i=$((i+1))来表示变量自增。

这些东西真的很诡异！

如果你有qsub，condor等任务提交系统，那么你只需要熟悉他们就可以了，但大部分散兵游勇的生物信息学家并没有集群，所以压根不会接触任务提交系统，就需要些自动化脚本了！

http://www.bio-info-trainee.com/?p=382

受限制与机器的cpu以及内存数，需要判断提交了多少任务，等待多久再执行，所以会把一个简单的自动化脚本写的很复杂！

比如下面这个脚本：cat >download_hg38_from_UCSC.sh

for i in $(seq 1 22) X Y M;

do echo $i;

wget ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chr${i}.fa.gz;

done

gunzip *.gz

for i in $(seq 1 22) X Y M;

do cat chr${i}.fa >> hg38.fa;

done

rm -fr chr*.fa

可以下载hg38基因组的fasta文件，但是是分染色体一个个下载的！

再比如下面这个，批量做GSEA分析的脚本：

while read id

echo $id

gene=`echo $id |awk '{print $1}'`

probe=`echo $id |awk '{print $2}'`

echo $i

do_GSEA $probe $gene; ##这里是我自己定义的一个function，就不贴出来了

if((i%5==0))

then

sleep 10 ##重点就在这里，每次提交的任务有限制，所以需要休息，不然机器的cpu负载太高！

i=$((i+1))

done <$1

如果，还有其它功能需要实现，我们可以把脚本写的更负载，纯粹的用shell，需要搜索更多的shell技巧。

但是事实上并没有这个必要，我们现在有了更方便的脚本语言，比如我所擅长的perl

我写一个nohup提交任务的脚本！

## perl nohup.pl deep_count.sh 0

## perl nohup.pl deep_count.sh 1

## perl nohup.pl deep_count.sh 2

[perl]
## perl nohup.pl   deep_count.sh 0
## perl nohup.pl   deep_count.sh 1
## perl nohup.pl   deep_count.sh 2
$i=1;
open FH,$ARGV[0];
while(){
   chomp;
   next unless $.%3==$ARGV[1];
   $cmd="nohup $_ &";
   print "$cmd\n";
   system($cmd);
   sleep(10800) if $i%5==4;
   $i++;
   #exit;
}
[/perl]

我尝试过用shell，写了很久，总是报错，但是用perl，一分钟我就写完了，所以，最好是用自己熟悉的一种语法最好！

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