用perl把含有简并碱基的引物序列还原成多条序列-更正

ulwvfje — Mon, 11 Apr 2016 10:52:38 +0000

感谢读者的指正，我以前写的一个程序是错的，从算法设计上就错了！

http://www.bio-info-trainee.com/926.html

我从新设计了一个算法，经过再三检查，我可以确信它是对的，至于是否高效，就不敢保证了，也希望有更多热心的读者帮助我改正，或者跟我讨论，请直接联系我的邮箱jmzeng1314 at(防爬虫) 163.com

代码如下：

while(){

chomp;

@F=split/:/;

$hash{$F[0]}=uc $F[1];

} ##这里记录简并碱基的对应关系

## %hash stored the tables;

sub primer2multiple{

$primer=$_[0];

$prod=1;

$primer_len=length $primer ;

foreach $i (0..$primer_len-1){

$char=substr($primer,$i,1);

#$prod*=length $hash{$char} if ($char !~/[ATCG]/) ;

if ($char !~/[ATCG]/) {

push @pos_list,$i;

push @char_list,$hash{$char};

##首先找出所有的不是ATCG的碱基位置以及它对应的碱基

## record all of the positions which are not ATCG;

}

}

@out_list=($primer);

##循环处理每个不是ATCG的碱基位置，让它们根据对应关系扩展

foreach my $i (0..scalar(@pos_list)-1){

@out_list=&new_out_list(\@out_list,$pos_list[$i],$char_list[$i]);

} ##&new_out_list 这个函数非常重要，会把数组不停的扩展，最终达到应该有的个数！

print join"\n",@out_list;

print "\n";

}

sub new_out_list{

my @array = @{$_[0]};

my $pos = $_[1];

my $char = $_[2];

my @new_array=();

foreach my $i (@array){

foreach my $j (0..length($char)-1){

substr($i,$pos,1,substr($char,$j,1));

push @new_array,$i;

}

}

return(@new_array);

}

primer2multiple('ATGCVCGCDCTNCCTGAB');

__DATA__

R:ag

Y:CT

M:AC

K:GT

S:gc

W:AT

H:atc

B:gtc

V:gac

D:GAT

N:ATgc

用perl把含有简并碱基的引物序列还原成多条序列

ulwvfje — Thu, 30 Jul 2015 01:39:34 +0000

这篇博客的程序是错的，请看我最新博客：http://www.bio-info-trainee.com/1528.html

简并碱基对应表格如下；

R:ag
Y:CT
M:AC
K:GT
S:gc
W:AT
H:atc
B:gtc
V:gac
D:GAT
N:ATgc
把这个文本拷贝到txt文件里面保存好，或者直接写入hash里面也行！

[perl]

open FH,"ATCG.txt";

while(){

chomp;

@F=split/:/;

$hash{$F[0]}=uc $F[1];#右边就是简并表格

}

open FH1,"primer.txt";

while(){

next if />/;

chomp;

primer2multiple($_); #对每个含有简并碱基的引物都进行以下函数处理

}

sub primer2multiple{

$primer=$_[0];

$prod=1;

$primer_len=length $primer ;

foreach $i (0..$primer_len-1){

$char=substr($primer,$i,1);

if ($char !~/[ATCG]/){$prod*=length $hash{$char}}

}

$new="";

foreach $i (0..$primer_len-1){

$char=substr($primer,$i,1);

if ($char =~/[ATCG]/){$new.=$char x $prod}

else {$tmp=length $hash{$char};$new.=$hash{$char} x ($prod/$tmp)}

}

die "error!" if $primer_len*$prod != length $new ;

foreach $i (0..$prod-1){

$tmp="";

for(my $j=$i;$j<(length($new));$j+=$prod){$tmp.=substr($new,$j,1)}

print "$tmp\n";

}

}

[/perl]

可以直接调用这个函数即可primer2multiple('ATGCVHGT');

就可以看到简并碱基被替换啦，就是那个V和H

ATGCGAGT
ATGCATGT
ATGCCCGT
ATGCGAGT
ATGCATGT
ATGCCCGT
ATGCGAGT
ATGCATGT
ATGCCCGT

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