生物学基础知识~CARM和SWI/SNF复合物

ulwvfje — Tue, 05 Jul 2016 00:11:42 +0000

因为最近在研究CHIP-seq测序数据处理，发现有些文章重点并不是数据处理本身，而是对生物学基础知识的掌控以及实验设计，这篇文章我重点推荐一下，我略微翻译了一些，笔记如下：

SWI/SNF(BAF) chromatin remodeling complex 染色质重构复合物，以及被广泛发现在各种癌症患者体内均有突变，这个复合物利用ATP水解释放的能量来驱动核小体运动以及调控染色质的结构。

发现历史：最新是在yeast里面发现它的突变会影响 mating type SWItching 和导致sucrose nonfermenting 的表型，所以才简称为SWI/SNF，在哺乳动物体内也被广泛研究现在，它被发现参与了细胞分化、增殖、还有各种DNA修复功能的实现。

组成结构：本质是一个蛋白质复合物，约15个亚基，每个亚基都由一个独立的基因转录翻译而来，每个基因都有专门的文章研究过。

生物功能：早在1998年就被发现与癌症相关，在GO数据库里面还可以查到相关资料，所以很容易在各种通路分析结果里面看到它的身影

随着癌症基因组测序的进展，至少有8种染色质重构复合物的亚基有recurrent mutation情况，然后有一句话说得特别好：

This has resulted in interest in indentifying mechanisms by which activity of the SWI/SNF complex is regulated, with the hope that such mechanistic understanding may reveal novel opportunities for therapeutic intervention .

CARM1基因是PRMT系列的一种：protein arginine Methyltransferases一直与基因的转录与翻译相关，主要功能就是使得蛋白质的arginine甲基化，这个基因家族目前有9个基因，只有CARM1命名比较奇葩。

其中RM都是 Arginine Methyltransferase的简称，很容易理解，

CARM1这个酶的底物不仅仅包括参与染色质重构，还有基因转录调控，剪切因子,组蛋白乙酰化还有RNA结合蛋白

chromatin remodeling ( SWI/SNF(BAF) chromatin remodeling complex )

gene transcription (histone H3(at R17))

histone acetyltransferases ( p300/CBP )

splicing factors ( CA150,SAP49,SmB,U1C )

RNA-binding proteins ( PABP1, HuR, HuD)

也有实验证明非常多的癌症种类病人都发现了CARM1表达异常升高，而且刺激乳腺癌的恶化，而且是很多癌症相关恶化蛋白的共刺激因子，比如p53,E2F1,NF-kB,b-catenin,steroid hormone receptors.

但是CARM1到底是如何在乳腺癌体内发生作用的，其中机制并不完全清楚。

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