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	<title>生信菜鸟团 &#187; 生信菜鸟团</title>
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		<title>解决阿里云博客的虚拟主机升级问题</title>
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		<pubDate>Sat, 10 Dec 2016 15:53:21 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[杂谈-随笔]]></category>
		<category><![CDATA[生信菜鸟团]]></category>
		<category><![CDATA[虚拟主机]]></category>
		<category><![CDATA[解决问题]]></category>
		<category><![CDATA[阿里云]]></category>

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		<description><![CDATA[首先感谢生信菜鸟团的各个小伙伴的大力支持，在阿里云的2年免费虚拟主机到期之后，我 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/2118.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<div>首先感谢生信菜鸟团的各个小伙伴的大力支持，在阿里云的2年免费虚拟主机到期之后，我成功了续费了，但是坑爹的阿里云居然把我的IP地址和用户名都给替换了，导致了一些莫名其妙的bug。</div>
<div>虽然只是warning，不影响网站访问，但实在是影响界面美观,如下：</div>
<div></div>
<div><img src="C:\Users\jimmy1314\AppData\Local\YNote\data\jmzeng1314@163.com\4449e6c0dae34512bbcfb27549c1e53c\clipboard.png" alt="" data-media-type="image" data-attr-org-src-id="866FE023F826477FABF98B6C4029F38B" /><img class="alignnone size-full wp-image-2120" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/12/11.png" alt="1" width="921" height="552" /></div>
<p><span id="more-2118"></span></p>
<div></div>
<div>很明显，是坑爹的阿里云不仅仅是把   我的主机空间和流量升级了，还修改了我的主机IP和用户名，导致了这个用户名错误！！！</div>
<div>这个报错告诉我是/htdocs/wp-content/plugins/wp-super-cache/wp-cache.php这个代码的第 65行出了问题，虽然我不懂号称宇宙第一的PHP代码，但是不妨碍我继续寻找解决方案，我进入ftp后台，下载了这个wp-cache.php点，找到第65行代码，发现是</div>
<div>include(WPCACHEHOME . 'wp-cache-base.php');</div>
<div>我稍微思考了一下，应该是WPCACHEHOME 这个环境变量没有修改回来，还以我的主机用户名是qxu1146220119，其实阿里云已经给我修改为qyu2562240001，真是麻烦！</div>
<div>那么我接着Google了一下wordpress modify WPCACHEHOME，看到搜索结果，我有点明白了，是我启用了<a href="https://wordpress.org/plugins/wp-super-cache/faq/">WP super cashe</a>插件的问题，那么解决方法看起来很简单了。只需要进入后台取消这个插件就好了。</div>
<div>但是，坑爹的后台进不去了！！！</div>
<div><img src="C:\Users\jimmy1314\AppData\Local\YNote\data\jmzeng1314@163.com\839eb4177e57417d9e7360102f039dd4\clipboard.png" alt="" data-media-type="image" data-attr-org-src-id="17A2C8444B19481F9E3BC368AEF158E1" /><img class="alignnone size-full wp-image-2121" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/12/2.png" alt="2" width="369" height="535" /></div>
<div></div>
<div>老规矩，再搜索呗。找到了解决方案参考：<a href="http://www.wpyou.com/wordpress-cookies-blocked.html">http://www.wpyou.com/wordpress-cookies-blocked.html</a> 我选择了第一个方案，修改高级环境设置里的 php.ini 设置，在PHP环境相关参数下找到 输出缓冲区数据块设置 ，果然，接着就能登录了。</div>
<div><img src="C:\Users\jimmy1314\AppData\Local\YNote\data\jmzeng1314@163.com\5baf00b7b2c64810ad25bcbcda25e814\clipboard.png" alt="" data-media-type="image" data-attr-org-src-id="415EF9C8FE8D44BC8D18A1B7DF337D96" /><img class="alignnone size-full wp-image-2122" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/12/3.png" alt="3" width="411" height="504" /></div>
<div>进入wp的后台修改插件，禁止<a href="https://wordpress.org/plugins/wp-super-cache/faq/">WP super cashe</a>使用！ 但是，点击插件，发现还是报错，这次更狠了，全英文报错，而且没有图形界面。</div>
<div>Internal Server Error</div>
<div>The server encountered an internal error or misconfiguration and was unable to complete your request.</div>
<div>Please contact the server administrator, webmaster@qyu2562240001.my3w.com and inform them of the time the error occurred, and anything you might have done that may have caused the error.</div>
<div>More information about this error may be available in the server error log.</div>
<div>事情到了这个地步，看起来已经无解了。但是，既然只是警告，而且前面的<a href="http://www.wpyou.com/wordpress-cookies-blocked.html">http://www.wpyou.com/wordpress-cookies-blocked.html</a>帖子里面提到插件文件夹可以删除，那么这个/wp-cache.php 只是属于<a href="https://wordpress.org/plugins/wp-super-cache/faq/">WP super cashe</a>插件的一个部分，就更应该可以删除，我索性删除整个/wp-super-cache文件夹，反正这个插件我也不需要了，比较我的空间可是大大的升级了！</div>
<div><img src="file:///C:/Users/jimmy1314/AppData/Local/YNote/data/jmzeng1314@163.com/c3888499836c464a9b807dde29a7e17a/clipboard.png" alt="" data-media-type="image" data-attr-org-src-id="85F1D4472CB64C098B0CC2D5484FDB71" /><img class="alignnone size-full wp-image-2119" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2016/12/4.png" alt="4" width="743" height="469" /></div>
<div>不过在删除它之前，我还是先备份了一下，万一有什么事情，也可以挽救。果然，删除完了后一切正常， 但是我的插件后台还是进不去，算了，今天太晚了，明天再看看吧！</div>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
<div></div>
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		<title>R来完成表达芯片分析全流程</title>
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		<pubDate>Tue, 29 Nov 2016 10:23:18 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[杂谈-随笔]]></category>
		<category><![CDATA[培训]]></category>
		<category><![CDATA[数据处理]]></category>
		<category><![CDATA[生信菜鸟团]]></category>
		<category><![CDATA[表达芯片]]></category>

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		<description><![CDATA[包括如何从GEO下载数据，如何分组，两组直接如何找差异，差异基因如何去注释，包括 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/2087.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<div>包括如何从GEO下载数据，如何分组，两组直接如何找差异，差异基因如何去注释，包括GO/KEGG注释，还有特殊数据库，自定义数据库的注释，比如oncogene或者tumor suppress genes，TF的gene注释，还有GSEA软件的分析。</div>
<div>然后是对选择好的差异基因去string等PPI数据库拿到网络数据，在R或者cytoscape里面画网络图，然后是用MCODE插件和bioNet包来对网络找sub-network或者module，和hub genes。</div>
<div>就拿GSE42872 这个数据来做例子吧，希望听众具有基础R知识，了解什么是bioconductor，然后具有基础生物学知识，知道什么是基因，什么是表达，什么是通路，什么是富集，什么是注释。</div>
<div>总共10讲，每次半小时，每周3,4,6的晚上十一点开讲！</div>
<div>讲义的草稿如下，如果你能看懂草稿，能自己学会，就不用参加本次课程啦。</div>
<div><strong><span style="color: #ff00ff;">如果需要问我问题，就赶快找我申请加入交流群，提供本次培训的全套视频和代码！！！</span></strong></div>
<p><span id="more-2087"></span></p>
<div>第一讲：GEO，表达芯片与R     <a href="http://note.youdao.com/share/?token=FD55F5D26342428EA829319F35C46B27&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/share/?token=FD55F5D26342428EA829319F35C46B27&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第二讲：从GEO下载数据得到表达量矩阵     <a href="http://note.youdao.com/groupshare/?token=69C0DA517A50446B81691C557C49F48F&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/groupshare/?token=69C0DA517A50446B81691C557C49F48F&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第三讲：对表达量矩阵用GSEA软件做分析    <a href="http://note.youdao.com/groupshare/?token=DBDB0277A315444BBBAB2024190208AE&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/groupshare/?token=DBDB0277A315444BBBAB2024190208AE&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第四讲：根据分组信息做差异分析    <a href="http://note.youdao.com/share/?token=8D29A5320C934AB29BFAF4052B890DBD&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/share/?token=8D29A5320C934AB29BFAF4052B890DBD&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第五讲：对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集分析    <a href="http://note.youdao.com/groupshare/?token=5C72F0011F2E4CE3B11FA4981602E94D&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/groupshare/?token=5C72F0011F2E4CE3B11FA4981602E94D&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第六讲：指定基因分组boxplot指定基因list画热图    <a href="http://note.youdao.com/groupshare/?token=1711FA96897F4E60925AAAC5003DE68F&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/groupshare/?token=1711FA96897F4E60925AAAC5003DE68F&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第七讲：根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据    <a href="http://note.youdao.com/groupshare/?token=4D80DDC122474B83A02070AF1A7B61EB&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/groupshare/?token=4D80DDC122474B83A02070AF1A7B61EB&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第八讲：PPI网络数据用R或者cytoscape画网络图    <a href="http://note.youdao.com/groupshare/?token=2C2E7AF2D4AF4B14A9BFCC4CAB03D965&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/groupshare/?token=2C2E7AF2D4AF4B14A9BFCC4CAB03D965&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第九讲：网络图的子网络获取    <a href="http://note.youdao.com/groupshare/?token=9FCFF3A7427444228483358F9A99C6E2&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/groupshare/?token=9FCFF3A7427444228483358F9A99C6E2&amp;gid=23785548</a></div>
<div>第十讲：hug genes如何找 <a href="http://note.youdao.com/groupshare/?token=EA181BE681F342D5943A857F707721D8&amp;gid=23785548">http://note.youdao.com/groupshare/?token=EA181BE681F342D5943A857F707721D8&amp;gid=23785548</a></div>
<div></div>
<div>你会学到一些我的R使用技巧，已经GEO数据库使用心得，还有一些生物学知识。然后就是几个R包的熟悉，代码全部分享。还可以简单了解几个统计学概念，差异分析，富集分析，GSEA，注释，网络分析。最后，会略微了解cytoscape的使用！</div>
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