以前做的都是有参转录组分析，只需要找到参考基因组和注释文件，然后走QC-->alignment-->counts->DEG-->annotation的流程图即可。
现在开始学习新的东西了，就是无参转录组分析，这里记录一下自己的学习笔记，首先还是资料收集，这次，我就针对性的看5个 全流程化的转录组 de novo 分析 文章，如下：
http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-15-554  2014年栀子花的花瓣衰老的标准de novo 转录组分析，数据如下：用Trinity做组装，用NCBI non-redundant (Nr) database库做注释，做了差异分析（栀子花花期分成4个阶段），GO/KEGG注释，然后做了RT-qPCR的实验验证。
多做了一个 Clusters of Orthologus Groups (COG)的数据库注释

http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-15-236  2014 巴西橡胶树的研究，是一个综合多组织样本的RNA库，ployT建库，454测序，用的是est2Assembly 和gsassembler 软件做组装，用 NCBI RefSeq, Plant Protein Database 做注释，因为没有分组，所以不必做差异分析，只需要找SNV和SSR标记即可，最后也是做GO/KEGG注释

https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-016-2633-2 2015 萝卜，用illumina进行转录组测序，用Trinity组装，用RPKM值算unigene的表达量，也是用 BLASTx来对Trinity结果进行注释，注释到NR，NT,Swiss-Prot,GO，COG，kegg数据库，其中GO注释用的是Blast2GO，最后也做了RT-qPCR 实验验证，某些基因在leaf里面的表达量显著高于其它tissue，有原始数据：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRX1671013
转录组分析结果结果：A total of 54.64 million clean reads and 111,167 contigs representing 53,642 unigenes were obtained from the radish leaf transcriptome.

http://www.nature.com/articles/srep08259 2015 芹菜 叶片发育中木质素的探究，测序的reads是A total of 32,477,416 quality reads were recorded for the leaves at Stage 1, 53,675,555 at Stage 2, and 27,158,566 at Stage 3, respectively.，也是用Trinity组装，kmer值设为25，组装结果：33,213 unigenes with an average length of 1,478 bp, a maximum length of 17,075 bp, and an N50 of 2,060 bp，然后用eggNOG/GO/KEGG数据库来注释。文章正文给了所用到的软件和数据库的详细链接
最后还用了 real-time PCR assays          来看 roots, stems, petioles, and leaf blade 这些组织的基因表达差异情况

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0128659 对 三疣梭子蟹 的卵巢和睾丸的转录组研究，，也是标准的转录组de novo 分析流程，非常值得借鉴
NCBI有上传原始数据：SRR1920180  和SRR1920180  

总结好这5篇文献的数据分析流程，就差不多明白如何做无参的转录组de novo分析了

论坛地址：http://www.biotrainee.com/forum.php

虽然大家都说论坛已经是过气的互联网产品了，但我对互联网行业懂的很少，其实当初做博客的时候就有人跟我说过类似的话，但我还是坚持做了，我觉得做得还挺成功的，所以我仍然决定坚持把这个论坛做下去。

博客有很多缺点，传播速度很慢，不利于检索分类文章，个人知识面有限，也没办法跟follower及时交流。而我们的论坛，就可以克服那几个缺点。

目前论坛会以博客合集的形式发展半年左右，等论坛出具起色之后再看看可以走什么样的路！

生信技能树创建于2016年8月，是中国第一家专注于生信知识体系完善、促进生信学习交流的论坛。我们通过收集国内外生信学习资源，邀请大神分享的领域专业知识，发布菜鸟的真实学习笔记，搭建生信技术人员联盟，从入门到进阶帮助每一位生信人。
我们的愿景是
弘扬分享的精神，播撒知识的种子；
邀请正在前进的你我他，共筑生信技能树的枝枝叶叶；
每一只菜鸟都会在这里成长，展翅翱翔、搏击长空！

论坛的最终目标：构建完善的生信技能树。
主要是依靠领域牛人产出文章，持续的干货产出；各位版主是中间层负责管理；菜鸟团QQ群成员是我们初期的用户。
主要运营逻辑：领域牛人+中间层+菜鸟用户；框架+内容产出；公众号推广；产生一定的文化及影响力，吸引志同道合的牛人一起参与论坛建设。
普通用户是论坛的受益者，他们在受益的同时也会为我们推广，但其本身并不依赖他们参与论坛建设，只希望他们可以在我们的论坛构建过程中提升自己，多学点对自己有用的东西！
希望领域牛人能主动联系论坛管理员团队，加入我们，一起完成这个理想！

作为论坛创始人，最期待的是看到团队成员的成长，以及随之而来的论坛稳健发展和各个版块内容的丰满。在带领团队和论坛成员完善生信技能树的同时，自己也收获前所未有的锻炼。希望自己不忘初心……

请原谅我编辑文字的能力很差，上面每一段分别由不同的小伙伴帮助我完成的~~~

如果想加入我们管理员团队，请先列出5个左右生信你认为最出名的博客，然后点评一下你最欣赏哪些板块。接着简单自我介绍一下自己的生信背景及能力，以及对职业发展的看法或者自己的人生追求。然后表述一下诚意。抱歉让你写这么多，最好是email给我，因为这个管理员很重要，经过我们合作以后大家也会成为朋友，所以我比较认真的考核。jmzeng1314@163.com

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感谢大家对积极地参与到论坛的建设当中，现在论坛已经基本成型，正在逐步进入正常运营的状态。接下来，论坛的目标是进行生信知识体系完善、促进生信学习交流。对此，论坛会邀请大神分享的领域专业知识，但是论坛真正需要的建设者和参与者不是他们，而是处于入门和进阶的生信菜鸟，发布菜鸟的真实学习笔记才是重中之中。

### 敢于分享，乐人乐己
不要畏惧分享，认为自己是初学者，自己的笔记没有分享的价值。你错了，不分享怎么知道没有价值。每一位大神都是从初学者一步一步成长过来的，也许你在学习的时候会搜索到大神们在菜鸟阶段的生信博文，很感激他们没有羞于分享，让大家看到了他的学习过程。所以，花时间钻研任何一个领域，积极分享自己的学习笔记，是一个很好的学习方法，因为你真得懂了才能讲给别人听。

### 学会做笔记，合理规划
在每一个学习阶段，我们的老师都会强调做笔记的重要性。因为好记性不如烂笔头（现在各种优秀云笔记的出现真是一大福利）。那么到了研究生阶段还是工作阶段，做笔记依然很重要。你一定经历过，上个月弄明白的知识点，到了这个月，你已经忘了。没有做笔记的你只能从头搜索资料，再学习一遍。所以，没有做笔记的你，希望你能够尝试一下。
当然做分享这件事，会花费一些时间在整理学习笔记上面。但是，这个工作也是学习到一定阶段必需要做的，有助于个人知识体系的建立。所以，合理规划自己的学习计划很重要哦。

### 不要拖延，不要完美
不要拖延，要及时地同步分享自己的笔记，这样和你处于同一学习阶段的网友就可以相互交流学习，其他一些过来人亦可机遇你一些指点。完美主义的学习笔记可遇不可求，这当然很好。对于其他阅读者来说，这样光看一篇学习笔记，就可以把每个知识点弄得明明白白的。但是在初学阶段，这不值得鼓励，因为要学的东西太多，要抓重点学习。