公开链接：http://pan.baidu.com/s/1jIvwRD8 ，没有密码，直接根据需求自行下载

首先是计算机基础《linux,perl,R,python,matlab都有，估计有几十个G的视频文档等等》

还有各种组学的视频或者文档：转录组，外显子组，全基因组，表观遗传学等等。

然后推荐的是文献大全，是我以前学习的时候阅读过的文献，这种东西基本不会过时，强烈推荐读读;

go-kegg/
ncbi/
NGS综述/
RNA-seq杂乱的文献/
snp-calling/
测序仪base-calling/
产前诊断/
软件文献大全/

然后是国外各个大学研究单位的视频教程分析，我已经全部下载了，内容如下：

anderson-基因芯片课程/
bioconductor中文社区/
bioinformatics/
colorado-university/
GEO-相关ppt-from-Google.zip
NIH的TCGA-topic大全/
sanger研究所/
TCGA-大文章/
德国柏林自由大学研究生生物信息学课程/
谷歌ppt/
马里兰大学学院市分校-生物信息学课程/
美国圣母大学R语言课程/
纽约州立水牛城大学-生物信息课程/
瑞士生物信息学研究所-SIB/
斯坦福大学-计算生物学papers/
斯坦福大学-计算生物学-课程ppt/
斯坦福大学-遗传生物信息课程-2009/
新加坡-A-star/
印度昌迪加尔市微生物技术研究所生物信息学课件/
约翰·霍普金斯大学-2003年的功能遗传学课程/

我的自频道-优酷视频 

视频百度云盘链接：http://pan.baidu.com/s/1jIvwRD8

下面是以前写的大纲，虽然我不做视频了，但是大家可以按照下面的大纲来自学，希望能对你有所帮助！！！

生信菜鸟团-公益视频课程大纲

• 生物信息数据处理环境搭建
  1. 服务器（虚拟机、HPC）
  2. 环境变量
  3. 软件安装（R,PERL,PYTHON,JAVA,MYSQL）
  4. 模块安装（R,PERL,PYTHON）
  5. 编辑器
• 生物信息学习资源介绍
  1. 宾夕法尼亚州立大学教授Istvan Albert（Fall 2015, BMMB 852: Applied Bioinformatics）
  2. 北大生物信息学公开课
  3. 斯坦福大学-计算生物学
  4. 斯坦福大学-遗传生物信息
  5. 德国柏林自由大学
  6. 美国明尼苏达大学生信课件
  7. TCGA的公开课及课件
  8. 其它大学网上课件分享
  9. 善用Google
  10. 善用关键词查综述看文献
• 百款常用生物信息软件
  1. Web-app: webGO/David/SMS2/ExPaSy/ iPathwayGuide/
  2. Basic: DNAman/bioEDIT/mega/clustalw/blast/blast++/fastqc/SRA-toolkit/SolexaQA/NGS-QC-toolkit/bedtools/circos/cytoscape/Emboss/ cutadapt/fastx/
  3. Snp-calling: BWA/Bowtie2/samtools/picard/GATK/varscan/freebayes/bcftools/annovar/samStat/snpEFF/VEP/
  4. RNA-seq: RseQC/tophat2/STAR/Hisat/htseq/cufflinks/cummedund/edgeR/DeSeq/Trinity/TransDecoder/GMAP
  5. Evolution: muscle/figtree/PhyML/seq2HLA/Plink/
  6. Other: LiftOver/ PICNIC/mutsig/Matlab MCR/tRNAscan-SE/FLASH/igBlast/IGV
  7. R语言软件：GEOquery/affy/limma/ GOstats/ConsensusClusterPlus/SPIA/ seqinr/ AnnotationHub/biostring/ GEOmetadb/biomaRt/ DawnRank
• 数据处理脚本实例
  1. Perl：snp格式化，coverage，depth，简并碱基，模糊匹配，多重循环，点突变分类，二分法查找，爬虫，mutation上下文，模块，操作excel和pdf，bowtie仿写
  2. R： 进度条，并行计算，T检验，hclust，apply系列函数，批量下载，韦恩图，3D条形图，Go分类图，reshape，dplyr，shinny
  3. Shell：qsub，wget，while, for
• 国际知名生信数据资源库简介
  1. NCBI
  2. EMBL-EBI
  3. UCSC
  4. sanger Institute
  5. BroadInstitute
  6. TCGA
  7. 1000 genome
  8. hapmap
  9. CCLE
  10. 物种官网
  11. ENCODE
  12. ExAC 61,486 Exomes
  13. 一些国家地区的基因组计划
• 介绍一些生物信息综合项目
  1. 下载NCBI的entriz数据并保存到本地数据库
  2. 做一个简单的基因ID转换工具
  3. 外显子数据分析
  4. 转录组数据分析
  5. 芯片数据表达差异分析
  6. 功能通路富集分析
  7. 数据库api（url）
• 研究领域细分
  1. 癌症
  2. 糖尿病
  3. 自闭症
• 待定

下面这些链接跟大纲没关系，请不要点击

http://www.genomemedicine.com/content/6/3/26

http://a-little-book-of-r-for-bioinformatics.readthedocs.org/en/latest/src/chapter1.html

http://birg.cs.wright.edu/textbook/50-instructional-resources

www.oocities.org/mark_ai/bioinformatics.ppt

http://halfonlab.ccr.buffalo.edu/courses/Nutrigenomics/slides/Bioinformatics&Databases.ppt 纽约州立水牛城大学-生物信息课程

http://www.imtech.res.in/raghava/slides/dbase.ppt

http://compbio.ku.edu/sites/bioinformatics.drupal.ku.edu/files/files/Bioinformatics_Syllabus_pdf.pdf

http://www.ncl.ac.uk/computing/study/module/CSC8313

http://webpages.cs.kent.edu/volkert/cs49995/S03/syllabus.html

http://www.intechopen.com/books/bioinformatics-trends-and-methodologies 收费

https://onlinecourses.science.psu.edu/stat555/node/2

http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/course/ppt/part1.ppt

视频列表是http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial/video_list.html ，能顺利点击的链接代表视频录制完毕。

这次视频课程的大纲是http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial/syllabus.htm，但是很有可能会修改！

声明
大家好，欢迎观看由生信菜鸟团举办的生物信息学公益视频课程，我是主讲人Jimmy。
本课程仅面向那些生物出身却想转生物信息学数据分析的同学，其它人均不在考虑范围。
本课程在中国大陆录制，会尽量遵循中国大陆法律，如有法律问题，请联系我的律师，谢谢！
我会尽量保证视频中知识点的准确无误，如有任何讲解不当之处，欢迎批评指正！
发邮件联系我（jmzeng1314@outlook.com）即可，没什么必要不要QQ或者微信找我。

还有，本人不差钱，所以视频均免费的，录制完毕后我会放出百度云共享，现在还在测试阶段。

请不要无缘无故的批评我，我不会服务任何人，所以不可能有人是我的顾客，我不需要对你好，爱看不看！