cytoscape五步曲之三：安装各种插件

ulwvfje — Thu, 24 Nov 2016 01:44:28 +0000

软件安装我就不多说了，直接去官网下载即可，请务必下载3.x版本，我讲的是最新版教程！

本次讲解如何给cytoscape安装插件，cytoscape本身是一个平台，学者可以在上面开发各种各样功能的插件实现不同的分析需求，类似于R语言这个平台，人们在上面安装包一样。R里面如何安装包我博客讲了4次，基本上看完的人都会懂。而cytoscape不一样，它的插件安装非常简单！非常简单！非常简单！

你只需要去cytoscape的APP中心找到包，如果你打开了cytoscape的界面，那么网页就会有install的字样，非常显眼，点击就自动安装了，这个时候会安装到

C:\Users\jimmy1314\CytoscapeConfiguration\3\apps\installed 这个目录！！~ 在你的电脑里面 jimmy1314 不一样

如果你这个时候并没有打开cytoscape的界面，那么网页就会有download的字样，也是非常显眼，点击就可以下载，下载之后你需要自己把下载的jar文件放到cytoscape的安装路径，一般默认是

C:\Program Files\Cytoscape_v3.3.0\apps

最后，cytoscape提供了APP中心，就跟苹果手机安卓手机安卓软件一样，直接在cytoscape软件的菜单栏app中心就可以点击安装！

一般来说每一个插件都会对应的文章发表，而且一定在cytoscape的APP中心有展示，如果没有，可能是冒牌的哦！比如下面的插件

http://apps.cytoscape.org/apps/cytonca

http://apps.cytoscape.org/apps/mcode

http://apps.cytoscape.org/apps/clueGO

http://apps.cytoscape.org/apps/bingo

http://apps.cytoscape.org/apps/cykeggparser

http://apps.cytoscape.org/apps/metdisease