jmzeng@ubuntu:/home/jmzeng/bio-soft/picnic/c_code/celConverter$ java -jar CelFileConverter.jar -m Snp6FeatureMappings.csv -c ../cdf/GenomeWideSNP_6.Full.cdf -s ../celFiles/ -t ../result/ 
Loading CDF file: ../cdf/GenomeWideSNP_6.Full.cdf
Loading feature mapping file: Snp6FeatureMappings.csv
Processing CEL file: /home/jmzeng/bio-soft/picnic/c_code/celConverter/../celFiles/GSM1949207.CEL
Created feature intensity file: /home/jmzeng/bio-soft/picnic/c_code/celConverter/../result/GSM1949207.feature_intensity
Processing CEL file: /home/jmzeng/bio-soft/picnic/c_code/celConverter/../celFiles/GSM887898.CEL
Created feature intensity file: /home/jmzeng/bio-soft/picnic/c_code/celConverter/../result/GSM887898.feature_intensity

第二步：

这里需要用matlab啦，但是这里经常出现库的问题！！！

示例的code是

sh run_preprocessing.sh mcr_dir cell_name info_dir feature_int_dir normalised_outdir outdir sample_type in_pi
我的code是：

jmzeng@ubuntu:/home/jmzeng/bio-soft/picnic/c_code$ sh run_preprocessing.sh Matlab_running/v710/ GSM1949207 info/ result/ result/output result/
------------------------------------------
Setting up environment variables
---
LD_LIBRARY_PATH is .:Matlab_running/v710//runtime/glnxa64:Matlab_running/v710//bin/glnxa64:Matlab_running/v710//sys/os/glnxa64:Matlab_running/v710//sys/java/jre/glnxa64/jre/lib/amd64/native_threads:Matlab_running/v710//sys/java/jre/glnxa64/jre/lib/amd64/server:Matlab_running/v710//sys/java/jre/glnxa64/jre/lib/amd64/client:Matlab_running/v710//sys/java/jre/glnxa64/jre/lib/amd64
My Own Exception: Fatal error loading library /home/jmzeng/bio-soft/picnic/c_code/Matlab_running/v710/bin/glnxa64/libmwmclmcr.so Error: libXp.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory

第三步：

也需要用matlab，库的问题必须解决！！！

我另外一台服务器的结局办法是用v714的matlab

示例的code是

sh run_HMM.sh /nfs/team78pc2/kwl_temp/segments/PICNIC/C/release/Matlab_Compiler_Runtime/v710 A01_CGP_PD3945a.feature_intensity '/nfs/team78pc3/KWL/segments/PICNIC/matlab/C/release/info/' '/nfs/team78pc2/kwl_temp/segments/PICNIC/data/normalized/' '/nfs/team78pc2/kwl_temp/segments/PICNIC/data/' '10' '0.33598' '1.9915' '0.40997'
我的code是：无所谓了，这个服务器不知道怎么回事，总是出现库文件的问题，而这个问题需要root权限，我懒得弄了，我在其它的服务器上面都木有问题的！！！

所以我就换了MATLAB，毕竟，这个软件本来就是matlab版本的，第一步照旧，第二步在matlab里面运行！

我这里只用GSM1949207做测试吧！！！

Genomic DNA was extracted from saliva, peripheral blood, or fibroblast cell lines using the QIAamp DNA Blood Mini Kit or QIAamp DNA Mini Kit. DNA quality and quantity was assessed using a Nanodrop Spectrophotometer and agarose gel electrophoresis.

打开matlab，进入picnic目录

重复第二步，输入：

preprocessing('GSM1949207.feature_intensity','info\','result\raw\','result\output\','result\')

需要7个参数，我这个是cell lines数据，所以后面两个参数省略不写！info文件夹自己下载放在picnic目录，其中result\raw 存放你第一步的结果文件！

这一步运行，会比较久！

同时可以看到程序在我的result目录里面新增加了两个目录用来存放结果，不过这一步的结果还是中间文件，就不解释了！

然后再重复第三步，输入：

 HMM('GSM1949207.feature_intensity','info\','result\output\','result\',10,0,2.0221,0.40997)

重要的结果有两个：

产品特点：

1.涵盖超过1,800,000个遗传变异标志物：包括超过906,600个SNP和超过946,000个用于检测拷贝数变化（CNV，Copy Number Variation）的探针；

2.SNP和CNV两种探针高密度且均匀地分布在整个基因组，不仅可以用于SNP基因精确分型，还可用于拷贝数变异CNV的研究；

3.744,000个探针平均分配到整个基因组上，用来发现未知的拷贝数变异区域；

4.可用于Copy-neutral LOH/UPD检测，亲子鉴定，纯合性分析、血缘关系鉴定、遗传病或其它疾病的研究。

参考：http://www.biomart.cn/specials/cnv2014/article/84169