批量运行GSEA，命令行版本

ulwvfje — Mon, 11 Jan 2016 13:12:48 +0000

之前用过有界面的那种，那样非常方便，只需要做好数据即可，但是如果有非常多的数据，每次都要点击文件，点击下一步，也很烦，不过，，它既然是java软件，就可以以命令行的形式来玩转它！

能够命令行运行了，就很容易批量啦

一、程序安装

二、输入数据

需要下载gmt文件，自己制作gct和cls文件，或者直接下载测试文件p53

三、运行命令

hgu95av2的芯片数据，只有一万多探针，所以很快就可以出结果

java -cp gsea2-2.2.1.jar -Xmx1024m xtools.gsea.Gsea -gmx c2.cp.kegg.v5.0.symbols.gmt \

-res P53_hgu95av2.gct -cls P53.cls -chip chip/HG_U95Av2.chip -out result -rpt_label p53_example

但是一般我们都用默认的即可

里面报错说有些探针找不到，不要管它

四、输出数据

自己看官网去理解这些结果咯！

需要下载的数据如下：

首先需要下载 Molecular Signatures Database (MSigDB)，一般选择C2的kegg，BioCarta 还有Reactome

都是gmt格式的文件！

CP: Canonical pathways (browse 1330 gene sets)	Gene sets from the pathway databases. Usually, these gene sets are canonical representations of a biological process compiled by domain experts. details	Download GMT Files original identifiers gene symbols entrez genes ids
CP:BIOCARTA: BioCarta gene sets (browse 217 gene sets)	Gene sets derived from the BioCarta pathway database (http://www.biocarta.com/genes/index.asp).	Download GMT Files original identifiers gene symbols entrez genes ids
CP:KEGG: KEGG gene sets (browse 186 gene sets)	Gene sets derived from the KEGG pathway database (http://www.genome.jp/kegg/pathway.html).	Download GMT Files original identifiers gene symbols entrez genes ids
CP:REACTOME: Reactome gene sets (browse 674 gene sets)	Gene sets derived from the Reactome pathway database (http://www.reactome.org/).	Download GMT Files original identifiers gene symbols entrez genes ids

然后做出表达数据gct文件和cls表型文件~

然后就可以直接运行了

如果是芯片数据，第一列是芯片探针，那么还需要下载chip数据：ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/gsea/annotations

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