for i in *sra

do

echo $i

/home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i

Done

这个脚本是把当前目录下所有的NCBI下载的sra文件都加压开来成测序fastq格式文件

有这些数据，分布在不同的目录，如果是写命令一个个文件处理，很麻烦，如果有几百个那就更麻烦了，所以需要用shell脚本

这样只需要bash这个脚本即可一次性处理所有的数据

还有很多类似的脚本，非常简单的

for i in *fq

do

echo $i

bowtie2 -p 13 -x ../../RNA.fa -U $i -S  $i.sam

done

for i in */accepted_hits.bam

do

echo $i

out=`echo $i |cut -d'/' -f 1`_clout

samtools mpileup -guSDf  /home/immune/refer_genome/hg19/hg19.fa $i  | bcftools view -cvNg - >snp-vcf/$out.vcf

done

while read id

do

echo $id

out=`echo $id |cut -d'/' -f 2`

reads=`echo $id |cut -d'/' -f 3|sed 's/\r//g'`

tophat2 -p 13 -o $out /home/immune/refer_genome/hg19/hg19 $reads

done <$1

等等