根据染色体起始终止点坐标来获取碱基序列

ulwvfje — Fri, 16 Oct 2015 11:21:27 +0000

这次要介绍一个非常实用的工具，很多时候，我们有一个染色体编号已经染色体起始终止为止，我们想知道这段序列是什么样的碱基。当然我们一般用去UCSC的genome browser里面去查询，而且可以得到非常多的信息，多到正常人根本就无法完全理解。但是我如果仅仅是想要一段序列呢？

诚然，我们可以下载3G的那个hg19.fa文件，然后写一个脚本去拿到序列，但是毕竟太麻烦，而且一般这种需求都是临时性的需要，我们当然想要一个非常简便的方法咯。

我这里介绍一个非常简单的方法，是基于perl的cgi编程，当然，不需要你编程了。人家UCSC已经写好了程序，你只需要把网页地址构造好即可，比如chr17:7676091,7676196 ，那么我只需要构造下面一个网页地址

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg38/dna?segment=chr17:7676091,7676196

hg38可以更换成hg19，dna?segment= 后面可以按照标准格式更换，既可以返回我们想要的序列了。

网页会返回一个xml格式的信息，解析一下即可。

This XML file does not appear to have any style information associated with it. The document tree is shown below.

aggggccaggagggggctggtgcaggggccgccggtgtaggagctgctgg tgcaggggccacggggggagcagcctctggcattctgggagcttcatctg gacctg

很明显里面的aggggccaggagggggctggtgcaggggccgccggtgtaggagctgctgg tgcaggggccacggggggagcagcctctggcattctgggagcttcatctg gacctg 就是我们想要的序列啦。

赶快去试一试吧

当然你不仅可以搜索DNA，还可以搜索很多其它的，你也不只是可以搜索人类的

See http://www.biodas.org for more info on DAS.
Try http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das/dsn for a list of databases.

X-DAS-Version: DAS/0.95
X-DAS-Status: 200
Content-Type:text
Access-Control-Allow-Origin: *
Access-Control-Expose-Headers: X-DAS-Version X-DAS-Status X-DAS-Capabilities

UCSC DAS Server.
See http://www.biodas.org for more info on DAS.
Try http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das/dsn for a list of databases.
See our DAS FAQ (http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads#download23)
for more information.  Alternatively, we also provide query capability
through our MySQL server; please see our FAQ for details
(http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads#download29).

Note that DAS is an inefficient protocol which does not support
all types of annotation in our database.  We recommend you
access the UCSC database by downloading the tab-separated files in
the downloads section (http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html)
or by using the Table Browser (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables)
instead of DAS in most circumstances.

生信菜鸟团 » 序列截取

根据染色体起始终止点坐标来获取碱基序列