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	<title>生信菜鸟团 &#187; 广播</title>
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		<title>广播&#8211;深圳生物信息兴趣小组</title>
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		<pubDate>Sat, 07 Mar 2015 02:15:29 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[杂谈-随笔]]></category>
		<category><![CDATA[广播]]></category>

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		<description><![CDATA[         希望有在深圳的生信从业人员或者学生能看到此广播，我们可以组成兴 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/1.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: left;">         希望有在深圳的生信从业人员或者学生能看到此广播，我们可以组成兴趣小组交流一下各自所学，或者合作翻译一些技术文档或者制作生信常用软件的使用说明书。<br />
简单介绍一下本人，精通perl和R，勉强可以使用python和matlab，熟练生信的linux环境配置及各大软件的配置。熟练使用基因组及转录组的大部分软件。<br />
现在计划对一些生信入门资料做简单整理，包括以下五个部分内容，及自己的一些随笔。</p>
<ul>
<li style="text-align: left;">常用数据库（NCBI，ensembl，UCSC，uniprot,IMGT,KEGG，OMIN，TIGR，GO）</li>
<li style="text-align: left;">常见数据格式(sam,vcf,gtf,psl,blast-m-8，fa，fq，genbank，bed等)</li>
<li style="text-align: left;">大型国际计划（1000Genome，hapmap，ENCODE等）</li>
<li style="text-align: left;">生信基础软件(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit)</li>
<li style="text-align: left;">snp-calling相关软件（bwa，bowtie，samtools，GATK，VarScan.jar，annovar）</li>
<li style="text-align: left;">基因组相关软件（velvet，SOAPdenovo2，repeatmasker,repeatscount,piler，orthMCL，inparanoid,clustw,muscle，MAFFT，quickparanoid，blast2go，RAxML，phyML）</li>
<li style="text-align: left;">转录组相关软件（trinity，tophat，cufflinks，RseQC，RNAseq，GOseq，MISO，RSEM，khmer，screed，trimmomatic，transDecoder，vast-tools，picard-tools，htseq，cuffdiff，edgeR，DEseq，funnet，davidgo，wego，kobas，KEGG，Amigo，go）</li>
<li style="text-align: left;">外显子组、表观遗传学组、宏基因组相关软件(待定)</li>
<li style="text-align: left;">计算机基础（linux，perl，R）</li>
</ul>
<p style="text-align: left;">         慢慢的我都会把这些制作一个简易介绍文档，如果兴趣小组规模足够大，我们也可以制作精美ppt。希望找到深圳生信朋友我们一起交流，一起合作，一起进步。<br />
因为反正做生信的不用加班，平时跑个代码也不忙，有很多时间可以研究技术，而且这种技术跟着大家一起学是最快的，而且现场交流非常方便，平时周六日什么的大家可以聚会一起玩，最好不要是华大的，不是歧视他们，主要是太偏僻了。<br />
有意者联系我QQ1227278128，或者直接打给我电话也行，15314025716。</p>
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