bedtools multicov和htseq-count都可以用来对基因和转录本的表达量的计算！！！

我们总共有四个样本，已经比对到小鼠的mm9基因组上面了，数据大小如下

然后对基因和转录本计数需要一些额外的信息，即各个基因及转录本的位置信息，gtf文件需要在UCSC等各大数据库下载

然后我们制作一个config文件配置我们的数据地址

cat sample_bam.config 可以看到文件内容如下

/data/mouse/ptan/740WT1.bam

/data/mouse/ptan/741WT2.bam

/data/mouse/ptan/742KO1.bam

/data/mouse/ptan/743KO2.bam

几个批处理文件名及内容分别如下

bedtools_multicov.sh  bedtools_multicov_transcript.sh  htseq.sh  htseq_transcript.sh

while read id

do

echo $id

new=`echo $id |cut -d"/" -f 5`

echo $new

bedtools multicov -bams $id -bed /data/mouse/mouse_mm9_gene.bed  > $new.gene.bedtools_multicov.count

done <$1

while read id

do

echo $id

new=`echo $id |cut -d"/" -f 5`

echo $new

bedtools multicov -bams $id -bed /data/mouse/mouse_mm9_transcript.bed  > $new.transcript.bedtools_multicov.count

done <$1

while read id

do

echo $id

new=`echo $id |cut -d"/" -f 5`

htseq-count -f bam $id /data/mouse/Mus_musculus.NCBIM37.67.gtf.chr  > $new.gene.htseq.count

done <$1

while read id

do

echo $id

new=`echo $id |cut -d"/" -f 5`

htseq-count -f bam --idattr transcript_id $id /data/mouse/Mus_musculus.NCBIM37.67.gtf.chr  > $new.transcript.htseq.count

done <$1

批量运行这些程序后就能对它们分别分情况进行计数，也能比较这两种计数方法的区别！

可以看出区别还是很大的！！！

我肯定没搞懂它们的原理，这完全就不一样，已经不是区别的问题了！！！

对于每个个体输出的计数文件，接下来就可以用DESeq等包来进行差异基因分析啦！