草莓基因组文章解读-并下载原始测序数据

ulwvfje — Tue, 17 Mar 2015 15:05:49 +0000

找橡胶测序数据无果

所以我只好找了他们所参考的草莓（strawberry, Fragaria vesca (2n = 2x = 14)，a small genome (240 Mb),）的文章，是发表是nature genetics上面的

可以看到它的SRA索取号。

草莓组装结果：Over 3,200 scaffolds were assembled with an N50 of 1.3 Mb .

Over 95% (209.8 Mb) of the total sequence is represented in 272 scaffolds.

草莓基因息：Gene prediction modeling identified 34,809 genes, with most being supported by transcriptome mapping.

草莓染色体信息：Paradoxically, the small basic (x = 7) genome size of the strawberry genus, ~240 Mb,

offers substantial advantages for genomic research.

草莓来源：diploid strawberry F. vesca ssp. vesca accession Hawaii 4

(National Clonal Germplasm Repository accession # PI551572).

然后我去NCBI上面下载这三个数据

SRA020125 共有四个数据：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX030575[accn]	Total: 4 runs, 4.7M spots, 2.6G bases, 5.5Gb
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX030576[accn] （3 KB PE）	Total: 2 runs, 2.2M spots, 908.5M bases, 2.1Gb
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX030577[accn] （20KB片段）	Total: 2 runs, 1.9M spots, 800M bases, 1.8Gb
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX030578[accn]	Total: 3 runs, 4M spots, 2.2G bases, 4.6Gb

挂在后台自动下载

好了，有了这些数据我们就要进行基因组的一系列分析啦！！！

不过我们可以先看看他们这个研究小组的成果

首先他们建造了一个关于草莓的基因组信息网站

跟我之前在水科院做鲫鱼鲤鱼的差不多

直接在里面就可以下载他们做好的所有数据，也可以可视化。

它的染色体如下，非常简单，就七条染色体

我找到了它组装好的草莓基因组地址，用批处理全部下载了

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