软件：NCBI提供的igblastn（linux环境）

需要自己去NCBI的ftp里面下载

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/igblast/release/

要保证igblastn程序文件和以下三个文件夹在同一目录，可以自行下载ncbi的igblast程序，同时要下载这些东西。

其中database根据物种需要自行选择或者自己建库

二：准备数据

输入文件：各个样本经以上步骤处理好的fasta文件

输出文件：得到blast比对结果，一般处理后文件会增大10倍以上

三：运行命令

软件命令：对不同的物种需要不同的库文件，不同的BCR,TCR需要不同的比对策略，好好看说明书

对BCR                        对TCR

处理结果如下，每个文件约2.5G大小

我一般是好几个样本一起跑，两百兆的文件需要跑四个小时左右！批处理命令如下，反正一般人也看不懂，就忒给有需求的人！

四：输出文件解读

这个就复杂了，一篇文章根本解释不清楚呀

在我写这篇日志的时候，我后台运行的igblastn程序还在运行，估计明天早上才能跑完

这是我下载的一篇文献里面的数据，可以看到每个fa文件都输出了很大的blast result文件，需要打开一个个解读，略过了，有兴趣的可以联系我私聊。

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