生信菜鸟团 » 会议 http://www.bio-info-trainee.com 欢迎去论坛biotrainee.com留言参与讨论，或者关注同名微信公众号biotrainee Sat, 28 Jun 2025 14:30:13 +0000 zh-CN hourly 1 https://wordpress.org/?v=4.1.33 生物医疗大数据高峰论坛参会笔记（全） http://www.bio-info-trainee.com/1659.html http://www.bio-info-trainee.com/1659.html#comments Mon, 23 May 2016 11:24:58 +0000 http://www.bio-info-trainee.com/?p=1659 Continue reading →]]> 呀，这是去年（2015）蹭的一个论坛，不记得是第几届了，反正是生物谷举办的，他们搞论坛已经成为一个产业了，非常挣钱的！我那时候还很认真的做了笔记，现在回过头来看看，他们好像讲的都很有道理，虽然我直到现在也用不上，不过我丝毫不担心。我一直拼命的学习各种知识，就是因为有着坚定的信念，所学的一切终将会有一天对我的人生有所帮助。

同济大学附属上海市第一妇幼保健院院长-段涛
1，该院去年接生约2.5万名婴儿，占2014年上海市出生人口的近九分之一。
2，中国2014年出生人口约1600万~2000万，相当于台湾或者澳大利亚的总人口，但是统计部、卫生部、公安部、民政部给的数据差异很大。
3,，卫生部用大数据做出医院排行信息，但是依靠的数据大多靠行政命令摊牌各个医院自行上报，可信度很低。就像曾经规定不能让医院的病人排队时间大于8分钟一样，荒唐。即使这样得到了大数据，也是mass in mass.
4、仅仅是关于糖尿病相关的APP就有超过一百个。
5、中国现在仅处于循证医学的初级阶段，大多数医生看病靠经验，而且很多时候靠的还是该医院该科室主任的经验。不够个性化。
6，过于依赖欧美发达国家的测试结果，比如OGTT标准（口服葡萄糖耐量试验），就只是一个美国医生招募了752名正常人口服100g葡萄糖，然后测量血糖值，并且还取整后得到的数据，极其的不准确。
7，即使循证医学也有不合适的地方，我们应该适当反对。现行药物大多数治疗方式对大多数病人都是无效的，大多数病人只是陪着在治疗。
8，现有医学以器官或者系统来区分疾病的种类，这样的分类方式期待有着革命化的变革，应该加入基因型的因素。
9，现今大部分的疾病都是靠人体的自身免疫来克服的，而非是针对性疗效。
10，精准医疗将改变医学统计学，临床流行病学，诊断体系，治疗方式。
11，该院拥有近5年孕产期所有的超声数据，约百万数据，以及她们的住院门诊病历信息，可以做很多分析，例如胎儿生长发育曲线模型等，寻求合作，有意者联系微信公众号, Dr_Duan_Tao

上海生物信息技术研究中心主任-李亦学

1，taxonomy of disease ，仍然是疾病分类的问题，需要更清晰更精确的分类方式。
2，医疗大数据个人来源（基因组-转录组-蛋白质组-代谢组-生理生化指标-病理数据），超500G数据
3，大数据的4个特点-数据量(Volume)、时效性(Velocity)、多样性(Variety)、可疑性(Veracity)
4，现在测人30X全基因组（100GB数据量）的价格，可以拿到6000-10000的底价。
5，人有30亿个碱基，两万两千多个基因，三十多万种蛋白，但是人与人之间的差异却仅仅只有不到六百万个碱基。
6，上海市政府要投入12个亿在大数据的竞争性领域（数据资源+计算资源），人才随便找，资源最重要。
7，中国生物信息数据资源短缺，主要被欧美国家组织掌控，包括NCBI,EBI,DDBJ，等等。
8，介绍了23andme的模式，99美金的低价，与药企合作开发药物设计，用的是OmniExpress-24 芯片，覆盖人的70多万个位点，一张芯片可以测12个人。

Medsci 张宝发

1，医疗大数据将从诊断、治疗、预后三个方面来改变医学模式。
2，最大的研究数据，1985-2012年间追踪记录的七千四百万的死亡数据。
3，医学模式正逐渐走向“4P”医学模式（4p medical model）：预防性（Preemptive）、预测性（Predictive）、个体化（Personalized）和参与性（participatory）
4，传统医学，是简单的因果推测，不合理的地方非常多。
5，即使大数据预测模型也并不完全正确，谷歌的流行病预测模型，通过关键词指数，尽管发布的时候准确性还算可以，运行了两年多无奈关闭。提醒了大数据陷进，数据并非越大越好。
6，三种建模思路（SEMMA,SA,CRISP-DM）,反正不懂。
7， Markov和Monte Carlo ,很重要，值得学习学习。
8，模型主要有很多挑战：非线性关系，变量的交互性，随机扰动等等

北大循证医学中心副主任-詹思延

1，ClinicalTrials网站追踪药物四期临床数据。
2，药品上市后数据收集的三个动力，国家法律规定，药物公司开发维护需要，其它公司参考对比需要。
3，额待解决的问题是术语标准化。
4，医疗保险数据库，各个地方政府的社保医保资料，可分析性非常强。
5，各个数据所有单位只需要遵循通用的数据模型，共享数据接口，及数据转换即可。
北京蛋白质组研究中心-朱云平
1，数据质量控制，数据整合，数据标准建立，国家应该出面来做，这样才能保障数据共享。
2，建立中国的生物信息中心。
3，国际大的生物信息学计划（HapMap，ENCODE，HEP Project，GWAS，COSMIC）
4，欧美生物信息数据中心NCBI,EBI,DDBJ
5，参与国家生物信息数据中心建设（基因组所，微生物所，北京大学，上海生物信息中心，药物基因组所，云计算平台，哈工大计算系）
6，基础数据完全公开，功能应用数据选择性公开

阿斯利康亚太研发信息总监-Jenny Wei

1，数据包括 forum/pharmacy database/lab test database/Insurance claims data /hospital/Digital health
2，亚太区（日，韩，台湾）对于生物医疗数据的基础建设都挺好的，唯独中国大陆，一塌糊涂。
3，Chinese EMR information extraction workflow 通过检索常用药物信息论坛来追踪药物副作用，text mining , 包括寻医问药、好大夫、抗癌之家、新浪微博等网站。

复旦大学附属肿瘤医院信息中心主任 王奕

1，医疗信息来源（临床（病历，处方），科研，运营）
2，医疗信息数据量增长率48%，包括影像数据（高达80%），文本数据，语音数据
3，数据复杂度高，各个院系数据标准不统一，多数数据甚至结构化程度都很低。
4，传统数据分析方法（报表，类SQL，关键词检索），今年发展的分析技术（DBI，R，数据挖掘，机器学习，人工智能），未来（~~）
5，复旦大学附属肿瘤医院信息中心建立历程（2011-2016），KSHIS3.0，THIS4.0，THIS4.5，THIS EM1.0等大型医疗管理软件。
6，科研数据搜索系统（ClinBrain），电子数据采集系统EDC，医疗质量监控系统
7，临床知识系统，数据知识神经网络，疾病指南。
8，正在做精准医疗系统，仅涉及少量病种，正在与临床资料整合。

同济大学生命科学与技术学院教授 刘琦

1，大数据分析与传统统计分析方法区别（总体vs样本，穷举vs采样，模糊vs精确）
2，big small data VS small big data 处理方法的区别。
3，做了药物重定位推荐系统，2012和2013年nature子刊均有发表把药物相关信息与public的GWAS数据联系起来重新定义药物的靶点信息。
4，A “web Ranking” model for drug virtual screening
5，RACS  --> Ranking system of anti-cancer synergy
6，用到的public data包括（FDA,DrugBank，SIDER2，CTD，connectivity Map O2，PharmGKB，OMIN，HGMD）

北京大学人民医院院长助理 刘帆

1，北京大学人民医院是国内信息化程度最高的医院，可达美国Himss评级的七级
2，院内信息系统包括5个domain，73个系统，几百个子系统。
3，仅2011年就有29个系统，98个子系统，322个数据接口，直到2013年才完成数据集成平台。
4，医疗大数据分析的挑战（缺乏主索引（身份证，健康卡，就诊卡，社保卡，病历本等等），术语不够标准化（72种术语字典））
5，病人隐私保护，HIPAA方法。
6，应该构建大数据生态圈（多组学数据，日常数据（可穿戴式设备），环境数据，临床数据，公共卫生数据），多种数据结合分析
7，数据云端迁移，灾难备份，仅北京大学人民医院就有>2000万个处方信息，342万患者信息，2.1亿条··记录，10亿次的什么什么，1亿的什么什么，4000万的什么什么，金山云，物理设备应该是800万，云端才50-100万每年，大大的节约了成本。

礼来（中国）研发有限公司IT总监

1，信息数据80%在文本之中，真正以数字的形式给出的很少。
2，我们要从keywords search 转为 Agile Text minning
3，text minning的基础参考自ontology，比较出名的有GO，DO
4，文本来源，pubmed数据库发表的文献的标题及摘要，网页爬虫还有临床数据
5，成功应用案例-礼来学术小助手，微信平台

万达信息股份有限公司 黄晓琴

讲的太多，太复杂，不知道怎么总结

 

]]> http://www.bio-info-trainee.com/1659.html/feed 0 几个国外出名的跟生物信息学相关的会议 http://www.bio-info-trainee.com/1041.html http://www.bio-info-trainee.com/1041.html#comments Wed, 14 Oct 2015 14:56:22 +0000 http://www.bio-info-trainee.com/?p=1041 Continue reading →]]> 会议列表如下：
ASGH会议-Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
AGBT会议-Advances in Genome Biology & Technology (AGBT)
ASM会议-annual meeting of the American Society for Microbiology
ASHI会议-The American Society for Histocompatibility and Immunogenetics 
BOSC-生物信息开放会议：Bioinformatics Open Source Conference
ISMB/ECCB会议
ACMG会议-The ACMG Annual Clinical Genetics Meeting
annual Biology of Genomes (BoG) meeting at Cold Spring Harbor
以上排名不分先后，
一年一度的美国人类遗传学协会（ASHG）年会是遗传学界的盛事，也是目前规模最大的人类遗传学会议。2015年的年会于10月6-10日在马里兰州的巴尔的摩举行，吸引了6500多名科学家参与。他们将在会议上介绍和讨论人类遗传学各个方面的最新进展。
会议官网是：http://www.ashg.org/
非常隆重，也受到业界追捧！
会议ppt均可下载，但是要翻墙

https://storify.com/andrewsu/ashg14-speaker-slides

基因组生物学技术进展大会（AGBT）

中文介绍：

The 23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2015)
14th Annual European Conference on Computational Biology (ECCB 2015)
这也是一个老牌会议了，会议官网是：https://www.iscb.org/
2015年的会议资料可以直接下载了：
ASM会议就比较水一点：
会议官网是：http://www.asm.org/

WHO WE ARE

The American Society for Microbiology (ASM) is the oldest and largest single life science membership organization in the world. Membership has grown from 59 scientists in 1899 to more than 39,000 members today, with more than one third located outside the United States. The members represent all aspects of the microbial sciences including microbiology educators.

The mission of ASM is to promote and advance the microbial sciences.

ASM accomplishes this mission through a variety of products, services and activities.

  • We provide a platform for sharing the latest scientific discoveries through our books, journals, meetings and conferences.
  • We help strengthen sustainable health systems around the world though our laboratory capacity building and global engagement programs.
  • We advance careers through our professional development programs and certifications.
  • We train and inspire the next generation of scientists through our outreach and educational programs.

ASM members have a passion for the microbial sciences, a desire to connect with their colleagues and a drive to be involved with the profession. Whether it is publishing in an ASM Journal, attending an ASM meeting or volunteering on one of the Society's many boards and committees.

Big parts of our everyday lives, from energy production, waste recycling, new sources of food, new drug development and infectious diseases to environmental problems and industrial processes-are studied in the microbial sciences.

Microbiology boasts some of the most illustrious names in the history of science--Pasteur, Koch, Fleming, Leeuwenhoek, Lister, Jenner and Salk--and some of the greatest achievements for mankind. Within the 20th century, a third of all Nobel Prizes in Physiology or Medicine have been awarded to microbiologists.

ASHI主要是免疫学相关的：

官网是：http://www.ashi-hla.org/

The ASHI 41st Annual Meeting site is now live, for the latest updates visit 2015.ashi-hla.org.
About ASHI

The American Society for Histocompatibility and Immunogenetics (ASHI) is a not-for-profit association of clinical and research professionals including immunologists, geneticists, molecular biologists, transplant physicians and surgeons, pathologists and technologists. As a professional society involved in histocompatibility, immunogenetics and transplantation, ASHI is dedicated to advancing the science and application of histocompatibility and immunogenetics; providing a forum for the exchange of information; and advocating the highest standards of laboratory testing in the interest of optimal patient care.

BOSC-生物信息开放会议

在wiki里面有详细的介绍：

The Bioinformatics Open Source Conference (BOSC) is an academic conference on open source programming in bioinformatics organised by the Open Bioinformatics Foundation. The conference has been held annually since 2000 and is run as a two-day satellite meeting preceding the Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) conference.

annual Biology of Genomes (BoG) meeting

ACMG会议是临床相关的，报道的比较少
会议官网是；http://www.acmgmeeting.net/

ABOUT

The ACMG Annual Clinical Genetics Meeting provides genetics professionals with the opportunity to learn how genetics and genomics are being integrated into medical or clinical practice. The ACMG Annual Meeting Program Committee has developed a high caliber scientific program that will present the latest developments and research in clinical genetics and genomics

 

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