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	<title>生信菜鸟团 &#187; 个人网站</title>
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	<description>欢迎去论坛biotrainee.com留言参与讨论，或者关注同名微信公众号biotrainee</description>
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		<title>个人网站的计划</title>
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		<pubDate>Thu, 19 Mar 2015 15:05:05 +0000</pubDate>
		<dc:creator><![CDATA[ulwvfje]]></dc:creator>
				<category><![CDATA[杂谈-随笔]]></category>
		<category><![CDATA[个人网站]]></category>

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		<description><![CDATA[转录组方向： 数据来源是NCBI里面的一个文献 其中转录组方向的那些软件流程大多 &#8230; <a href="http://www.bio-info-trainee.com/386.html">Continue reading <span class="meta-nav">&#8594;</span></a>]]></description>
				<content:encoded><![CDATA[<p>转录组方向：</p>
<p>数据来源是NCBI里面的一个文献</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划32.png"><img class="alignnone size-full wp-image-387" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划32.png" alt="网站的计划32" width="272" height="148" /></a></p>
<p>其中转录组方向的那些软件流程大多已经跑完了，大家可以见我的转录组总结。</p>
<p>trinity，tophat，cufflinks，RseQC，RNAseq，GOseq，MISO，RSEM，khmer，screed，trimmomatic，transDecoder，vast-tools，picard-tools，htseq，cuffdiff，edgeR，DEseq，funnet，davidgo，wego，kobas，KEGG，Amigo，go</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>基因组方向：</p>
<p>数据来源是strawberry草莓的文献</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划282.png"><img class="alignnone size-full wp-image-388" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划282.png" alt="网站的计划282" width="334" height="174" /></a></p>
<p>velvet，SOAPdenovo2，repeatmasker,repeatscount,piler，</p>
<p>Chip-seq方向：</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划348.png"><img class="alignnone size-full wp-image-389" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划348.png" alt="网站的计划348" width="320" height="150" /></a></p>
<p>这个群里有高手说要跟我合作，他来帮我写，希望是真的！</p>
<p>免疫组库方向：</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划385.png"><img class="alignnone size-full wp-image-390" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划385.png" alt="网站的计划385" width="228" height="213" /></a></p>
<p>这个其实没有成熟软件，也就是一个igblastn, 然后是IMGT数据库，但是是我主打的产品，所以我会详细介绍一下。</p>
<p>全外显子组方向：</p>
<p><a href="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划455.png"><img class="alignnone size-full wp-image-391" src="http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/网站的计划455.png" alt="网站的计划455" width="263" height="33" /></a></p>
<p>这方面我不是很懂，。好像主要就是snp-calling</p>
<p>Snp-calling方向：</p>
<p>这个我准备自己写软件，不仅仅是用别人的软，它的数据本身也是前面几个方向的数据</p>
<p>bwa，bowtie，samtools，GATK，VarScan.jar，annovar</p>
<p>进化方向：</p>
<p>数据就是基因组数据</p>
<p>orthMCL，inparanoid, clustw,muscle，MAFFT，quickparanoid，blast2go，RAxML，phyML</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>&nbsp;</p>
]]></content:encoded>
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